<div dir="ltr"><div>Dear Peng,<br><br></div>The cell you might be using is 'hexagonal' and the 'vc-relax' that you are doing has two degrees of freedom in x and y direction which are orthogonal due the flag 'cell_dofree = xy' you set. Since the symmetry is breaking in the second step due to relaxation in x and y direction it is changing the number of k-points. That's why you are getting that error. A simple work-around for this is you use a bit bigger cell with orthorhombic symmetry (in which you have orthogonal 'a' and 'b' vectors). In orthorhombic cell symmetry won't break due to  'cell_dofree = xy'.</div>
<div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 3, 2013 at 4:13 AM, Peng Tao <span dir="ltr"><<a href="mailto:ptao10b@imr.ac.cn" target="_blank">ptao10b@imr.ac.cn</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear all,<br>
<br>
Recently, I just want to putting 'vc-relax' to optimize the graphene structure,<br>
but it repots an error:<br>
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br>
     from checkallsym : error #         2<br>
     not orthogonal operation<br>
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%<br>
<br>
And I set 'cell_dofree = xy' in the vc-relax run.<br>
<br>
I know, it is no need to apply vc-relax to graphene, and only relax can aquire<br>
my result. But if I want to relax bi-layer and mutilayer graphene and my ultimate<br>
goal is to get their phonon dispersion curves(so the symmetry should not be broken),<br>
how could I do? Is there any convienient method to relax them?<br>
<br>
Thanks a lot.<br>
<br>
Yours,<br>
Peng Tao<br>
<br>
--<br>
-------------------------------------------------------------------<br>
PH.D. candidate Peng Tao<br>
Magnetism and Magnetic Materials Division<br>
National Laboratory for Material Science<br>
Institute of Metal Research, Chinese Academy of Sciences<br>
Phone  <a href="tel:%2B86-024-83978751" value="+862483978751">+86-024-83978751</a><br>
-------------------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Regards,<br>MOHNISH,<br>-----------------------------------------------------------------<br>Mohnish Pandey,<br>PhD Student,<br>Center for Atomic Scale Materials Design,<br>
Department of Physics,<br>Technical University of Denmark<br><div>-----------------------------------------------------------------</div>
</div>