<div dir="ltr">Thank you Prof Marzari and dear Antonio,  your answers are very helpful !<div><br></div><div style>many thanks </div><div style><br></div><div style>Jin</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
2013/4/15 Antonio Tilocca <span dir="ltr"><<a href="mailto:uccaati@ucl.ac.uk" target="_blank">uccaati@ucl.ac.uk</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im"><br>
><br>
> Hi All<br>
><br>
> I am a new user of cp module and I have some questions about running a CPMD<br>
> simulation and using cppp.x.<br>
><br>
> 1. I tried to run a CPMD job with 33 water molecules in a 1*1*1 nm3 box.<br>
> After minimizing the electrons and ions to their ground states, I started<br>
> 'verlet' dynamics as mentioned in QE user guide, without setting tempw<br>
> ,fnosep and ion_temperature. The tempp value (ionic temperature) directly<br>
> went up to more than 4000 and continued increasing. Did that make sense?<br>
> Shall I turn on temperature controlling at the same time I started verlet<br>
> dynamics? I suppose the system should oscillate around 0K if it has been<br>
> minimized. Or is it because I started the system with a random molecule<br>
> distribution?<br>
<br>
<br>
</div>To answer your first question: yes, an initial "rocketing" ionic<br>
temperature is not unexpected if you start from a configuration very far<br>
from equilibrium, no matter how well you relax the electrons. However,<br>
also be aware that there can be other causes for this behaviour, such as<br>
an inappropriate (too long) time step, wrong cell vectors specified, etc.<br>
In order to rule out the latter, you can try to start from a more stable<br>
configuration, for instance obtained from a quick relaxation by classical<br>
MD. In principle you could also try to turn on damped MD to prevent ions<br>
from moving too fast and too much in the initial stages of the CP dynamics, and<br>
see a short damped MD run gives you a better starting configuration.<br>
<br>
<br>
Antonio Tilocca<br>
Chemistry<br>
University College London<br>
<div class="im"><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
><br>
> 2. I have defined atom species as:<br>
><br>
>  atomic_number(1) = 1,<br>
>  atomic_number(2) = 8,<br>
><br>
> in cppp input file.However in all generated files (out/axsf/pdb) all the<br>
> atoms are still recognized as 'H'. What should I do with that?<br>
><br>
</div>> many thanks<br>
><br>
> Jin<br>
> -------------- next part --------------<br>
> An HTML attachment was scrubbed...<br>
> URL: <a href="http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20130413/f959ea2c/attachment-0001.html" target="_blank">http://pwscf.org/pipermail/pw_forum/attachments/20130413/f959ea2c/attachment-0001.html</a><br>
><br>
> ------------------------------<br>
<div class="im">><br>
> _______________________________________________<br>
> Pw_forum mailing list<br>
> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
> <a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
><br>
</div>> End of Pw_forum Digest, Vol 70, Issue 12<br>
> ****************************************<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">><br>
><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>