<br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Nov 7, 2012 at 7:10 PM, farid taherkhani <span dir="ltr"><<a href="mailto:faridtaherkhani@gmail.com" target="_blank">faridtaherkhani@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><pre> Hi Axel Kohlmeyer  on seven November wrote<div class="im"> >how would the MD done with CP be different from other MD simulations?

>when you talk about "pure" MD and what method would you use to

>compute the forces (classical, semi-empirical, ab initio)?

>are you aware of acceleration methods that preserve

>dynamics published by art voter like parallel-replica MD.

axel.<br><br><br><br> <span style="font-size:14pt;line-height:115%;font-family:"Times New Roman";color:rgb(0,176,80)"><br></span></div><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman"">In practice via pure MD<span>  </span>we can not obtain real structure due to time scale problem but<span>  </span>Quantum simulation method give us a real structure then we can follow our dynamics on the basis of Quantum proposed structure.</span></pre>

</blockquote><div>sorry, but this is nonsense.</div><div>the statistical mechanics of the motions of the atoms</div><div>are in *no* way affected by how you compute the forces.</div><div><br></div><div>in fact the statistical sampling issues are even worse,</div>

<div>in CP, since your time step is much smaller and it takes</div><div>even longer to compute one time step.</div><div><br></div><div>a structure computed from a classical model is as</div><div>"real" as it is when you use DFT.</div>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><pre><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman""> Can we use Quantum Espresso for obtaining one optimum structure then we turn on Molecular dynamics iteratively?</span></pre>

</blockquote><div>cp.x *does* molecular dynamics. actually, computing an optimized structure with DFT</div><div>and then continue with a classical model is a bad idea, since the optimization takes</div><div>you to a 0K structure and hence you have a non-equilibrium configuration when you </div>

<div>continue the the classical MD. better to just run only the classical MD and get better</div><div>sampling.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<pre><span style="font-size:12pt;font-family:"Times New Roman""> We want to follow CP method for obtaining the exact dynamics our physical system in low temperature.Quantum Sutton-Chen potential for metallic interaction, covalent-bonding Tersoff potential between carbon-carbon in geraphen and Lenard-Jones potential for Carbon – metal. We know the method of parallel-replica MD which presented by professor Voter. However, we have limitation for replication technique in practice due to limitation of computer cpu node and its strategy in practice. </span></pre>

</blockquote><div>using CP will make your computational restrictions even worse. what you describe</div><div>sounds more like a QM/MM coupling method, which is an entirely different animal</div><div>(or rather a different can of worms) and and even bigger headache.</div>

<div><br></div><div>best you stick to classical MD and save yourself a lot of pain and trouble.</div><div><br></div><div>axel.</div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<pre>

</pre><p><span style>All the best,<br>

<br>

<br>

Farid</span></p><div class="HOEnZb"><div class="h5">

<pre><br></pre><br><br><br>-- <br>Dr. Farid Taherkhani <br><br>Assistant Professor <br><br>Department of Chemistry <br><br>Razi University <br><br>Kermanshah, Iran <br><br>Tel: +98-831-4274569 <br><br>Email: <a href="mailto:f.taherkhani@razi.ac.ir" target="_blank">f.taherkhani@razi.ac.ir</a><br>

<br>

</div></div><br>_______________________________________________<br>

Pw_forum mailing list<br>

<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>

<a href="http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Dr. Axel Kohlmeyer  <a href="mailto:akohlmey@gmail.com" target="_blank">akohlmey@gmail.com</a>  <a href="http://goo.gl/1wk0" target="_blank">http://goo.gl/1wk0</a><br>

International Centre for Theoretical Physics, Trieste. Italy.<br>

</div>