Hi All, <div><br></div><div>I am trying to calculate the charge density of the graphene -lithium system by showing the negative and positive regions on it. When i uploaded the below input file to Xcrysden i cannnot see  either  the negative and positive regions  nor  the charge flow on 3D Xccrysden figure. How should i modify my file to do so?</div>
<div><br></div><div>Thansk in advance, </div><div><br></div><div>Gulcin </div><div><br></div><div><div># self-consistent calculation</div><div>    cat > <a href="http://gli.scf.in">gli.scf.in</a> << EOF</div><div>
 &control</div><div>    calculation = 'scf'</div><div>    restart_mode='from_scratch',</div><div>    prefix='gli',</div><div>    pseudo_dir = '$PSEUDO_DIR/',</div><div>    outdir='$TMP_DIR/'</div>
<div> /</div><div> &system</div><div>    ibrav=  4, celldm(1) =8.0777, celldm(3)=0.83305, nat=  7, ntyp= 2,</div><div>    ecutwfc =60.0,</div><div>    ecutrho = 500.0</div><div> occupations='smearing', smearing='methfessel-paxton', degauss=0.02</div>
<div> /</div><div> &electrons</div><div>    mixing_mode = 'plain'</div><div>    mixing_beta = 0.7</div><div>    conv_thr =  1.0d-7</div><div> /</div><div>ATOMIC_SPECIES</div><div> C   12.0107  C.pz-rrkjus.UPF</div>
<div> Li  6.9142   Li.pz-n-vbc.UPF</div><div>ATOMIC_POSITIONS</div><div>C       -0.000169177  -0.000292351   0.000000000</div><div>C        0.333413183  -0.000292351   0.000000000</div><div>C        0.500204479   0.288597992   0.000000000</div>
<div>C        0.333413183   0.577488334   0.000000000</div><div>C       -0.000169177   0.577488334   0.000000000</div><div>C       -0.166960373   0.288597992   0.000000000</div><div>Li       0.166621953   0.288597992   0.416524683</div>
<div>K_POINTS AUTOMATIC</div><div>5 5 6 0 0 0 </div><div>EOF</div><div>    $ECHO "  running the scf calculation for Gr-Li...\c"</div><div>    $PW_COMMAND < <a href="http://gli.scf.in">gli.scf.in</a> > gli.scf.out</div>
<div>    check_failure $?</div><div>    $ECHO " done"</div><div><br></div><div># post-processing for charge density</div><div>cat > <a href="http://gli.pp.in">gli.pp.in</a> << EOF</div><div>   &inputpp</div>
<div>   prefix  = 'gli'</div><div>   outdir = '$TMP_DIR/'</div><div>   filplot = 'gli.pp'</div><div>   plot_num= 7</div><div>   kpoint = 1</div><div>   kband = 14</div><div>   spin_component = 0</div>
<div>   </div><div>/</div><div><br></div><div> &plot</div><div>    nfile = 1</div><div>    filepp(1) = 'gli.pp'</div><div>    weight(1) = 1.0</div><div>    iflag = 3</div><div>    output_format = 5</div><div>    fileout = 'gli.xsf'</div>
<div>    /</div></div>