Dear All , <br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"> <br>
<div class="gmail_quote"><div class="im"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">> IIRC the phonon code, and all other auxiliary codes, always print<br>
> displacement patterns, not phonon eigenvectors<br>
<br></blockquote></div><div>  Not always. In case of a homo-atomic system, the phonon eigen-vectots (v) <br>  can directly be  presented as atomic displacements (u) . However, for a hetero-<br>  atomic system, it is not so straight-forward. We need  some more algebra, because <br>

<br> u = v / sqrt (M)   and  SUM_i  ( u_i . u_i . M_i )  = constant  . <br><br> After that one can obtain correct atomic displacement  from the eigen-vectors in case of a <br> hetero-atomic system. <br></div></div></blockquote>
<div><br>    For example, after the above algebra, we get, these well-arranged eigen displacements<br><br> ( 0.0   0.0    2.30182985E-05 )<br> ( 0.0   0.0    1.65666412E-03 )<br> ( 0.0   0.0   -1.75258026E-04 )<br> ( 0.0   0.0   -3.12875743E-03 )<br>
 ( 0.0   0.0   -1.75258026E-04 ) <br><br> ( 0.0    2.30182985E-05   0.0 )<br>
 ( 0.0    1.65666412E-03   0.0 )<br>
 ( 0.0   -1.75258026E-04   0.0 )<br>
 ( 0.0   -3.12875743E-03   0.0 )<br>
 ( 0.0   -1.75258026E-04   0.0 ) <br><br> (  2.30182985E-05   0.0   0.0 )<br>
 (  1.65666412E-03   0.0   0.0 )<br>
 ( -1.75258026E-04   0.0   0.0 )<br>
 ( -3.12875743E-03   0.0   0.0 )<br>
 ( -1.75258026E-04   0.0   0.0 ) <br><br>,whereas the initial eigen-vectors that QE code prints directly (which is indeed messy) <br>after diagonalising the dynamical matrix were <br><br>    omega( 1) =      2.395159 [THz] =     79.894433 [cm-1]<br>
 (  0.004885  0.000000  0.000925  0.000000  0.000021  0.000000 ) <br> (  0.453433  0.000000  0.085812  0.000000  0.001953  0.000000 ) <br> ( -0.869153  0.000000 -0.008829  0.000000 -0.000201  0.000000 ) <br> ( -0.046653  0.000000 -0.164486  0.000000 -0.000201  0.000000 ) <br>
 ( -0.046653  0.000000 -0.008829  0.000000 -0.003743  0.000000 ) <br>     omega( 2) =      2.395159 [THz] =     79.894433 [cm-1]<br> (  0.000050  0.000000 -0.000153  0.000000 -0.004969  0.000000 ) <br> (  0.004666  0.000000 -0.014157  0.000000 -0.461245  0.000000 ) <br>
 ( -0.008943  0.000000  0.001457  0.000000  0.047457  0.000000 ) <br> ( -0.000480  0.000000  0.027136  0.000000  0.047457  0.000000 ) <br> ( -0.000480  0.000000  0.001457  0.000000  0.884127  0.000000 ) <br>     omega( 3) =      2.395159 [THz] =     79.894433 [cm-1]<br>
 ( -0.000923  0.000000  0.004883  0.000000 -0.000159  0.000000 ) <br> ( -0.085707  0.000000  0.453217  0.000000 -0.014777  0.000000 ) <br> (  0.164285  0.000000 -0.046631  0.000000  0.001520  0.000000 ) <br> (  0.008818  0.000000 -0.868738  0.000000  0.001520  0.000000 ) <br>
 (  0.008818  0.000000 -0.046631  0.000000  0.028326  0.000000 )  <br>  <br> Thanking you all, <br><br> Yours sincerely, <br><font color="#888888"> Suza 
</font></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
</blockquote></div><br>