<font face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2"><div>Dear Prof. Ghosh,<br><br>I should have done this before, but now I have performed structure relaxation of LiH..H2O using DFT with 6-31++g basis set,<br>the same one that was used for mp2 calculations, and found that DFT does not give intramolecular H-bond.<br>Thus, in general, DFT does not seem suitable for such systems and hence there has been difficulty with QE.<br><br>I agree with Paolo that the problem is not with plane wave approach.<br><br>Thanks once again and best regards,<br><br></div><div><font face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2"><div><font style="font-family: Georgia,Default Serif,serif; font-weight: bold;" color="#0000ff"><font color="#999900">Savita Pundlik</font></font><br style="font-family: Georgia,Default Serif,serif;"><span style="font-family: Georgia,Default Serif,serif;"><font><font color="#999900">Computational Materials </font></font></span><font color="#999900">Applied Research Group</font><br style="font-family: Georgia,Default Serif,serif;"><span style="font-family: Georgia,Default Serif,serif; font-weight: bold;"><font><font color="#999900">Computational Research Laboratories Ltd.,</font></font></span><br style="font-family: Georgia,Default Serif,serif;"><span style="font-style: italic; font-family: Georgia,Default Serif,serif;"><font><font color="#999900">Taco House, Damle Path, Off Law College Road</font></font></span><br style="font-style: italic; font-family: Georgia,Default Serif,serif;"><span style="font-style: italic; font-family: Georgia,Default Serif,serif;"><font><font color="#999900">Pune - 411004, India.</font></font></span><br><br></div></font><br><div><br></div><font color="#990099">-----pw_forum-bounces@pwscf.org wrote: -----<br><br></font><blockquote style="padding-right: 0px; padding-left: 5px; margin-left: 5px; border-left: 2px solid #000000; margin-right: 0px;">To: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a><br>From: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum-request@pwscf.org">pw_forum-request@pwscf.org</a><br>Sent by: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum-bounces@pwscf.org">pw_forum-bounces@pwscf.org</a><br>Date: 06/20/2011 01:17PM<br>Subject: Pw_forum Digest, Vol 48, Issue 51<br><br><font face="Courier New,Courier,monospace" size="3">Send Pw_forum mailing list submissions to<br><span>    </span>      <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a><br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br><span>    </span>     <a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br><span>    </span>      <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum-request@pwscf.org">pw_forum-request@pwscf.org</a><br><br>You can reach the person managing the list at<br><span>    </span> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum-owner@pwscf.org">pw_forum-owner@pwscf.org</a><br><br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>than "Re: Contents of Pw_forum digest..."<br><br><br>Today's Topics:<br><br>   1. Re: Suitable pseudopotentials for LiH..H2O (Prasenjit Ghosh)<br>   2. Re: Testing pseudopotential (Julen Ibanez Azpiroz)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>Date: Mon, 20 Jun 2011 11:59:51 +0530<br>From: Prasenjit Ghosh <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:prasenjit.jnc@gmail.com"><prasenjit.jnc@gmail.com></a><br>Subject: Re: [Pw_forum] Suitable pseudopotentials for LiH..H2O<br>To: PWSCF Forum <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:pw_forum@pwscf.org"><pw_forum@pwscf.org></a><br>Message-ID: <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:BANLkTin0W8OO=H88_J38cxXnmWsMYT12rg@mail.gmail.com"><BANLkTin0W8OO=H88_J38cxXnmWsMYT12rg@mail.gmail.com></a><br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>Dear Savita,<br><br>It is hard to tell....You can try plotting total energy vs. the box size and<br>see how the energies are changing....if the change is of the order of a meV<br>then I would say that your calculations are converged wrt box size.......<br><br>However, I think it is good idea to follow Stefano's suggestion........using<br>the same basis set you have been using for your mp2 calculation, you try to<br>calculate the same thing using DFT and see whether you get similar<br>results.....if you get different results, then it will suggest that DFT is<br>not properly describing the electronic correlations.<br><br>Prasenjit<br><br>On 20 June 2011 10:24, <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:psavita@crlindia.com"><psavita@crlindia.com></a> wrote:<br><br>> Dear Prof. Ghosh,<br>><br>> As per your suggestion, I performed the structure relaxation of LiH--H2O<br>> system using a bigger cubic box of dimension 50 a.u.<br>> and I still find H2 abstraction instead of an intramolecular dihydrogen<br>> bond.<br>> Do you think the box is still inadequate?<br>> For such systems, would it be better to put some constraints initially?<br>> How do we do this in QE?<br>><br>> Thanks for your suggestion and best regards,<br>><br>> Savita Pundlik<br>> Computational Materials Applied Research Group<br>> Computational Research Laboratories Ltd.,<br>> Taco House, Damle Path, Off Law College Road<br>> Pune - 411004, India.<br>><br>><br>><br>> -----pw_forum-bounces@pwscf.org wrote: -----<br>><br>><br>><br>><br>><br>><br>> Dear Savita,<br>><br>> I am not an expert on these type of systems.......however just a small<br>> piece<br>> of advice.....a single molecule of water has a huge dipole moment.....so a<br>> box size of 25 bohr may not be sufficient, until and unless binding to LiH<br>> quenches the dipole moment......so you may like to check whether your box<br>> is<br>> sufficiently big.....usually for a single molecule of water one uses about<br>> 35-40 bohr box or can use dipole correction.<br>><br>> Prasenjit<br>><br>> On 17 June 2011 11:42, <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:psavita@crlindia.com"><psavita@crlindia.com></a> <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:psavita@crlindia.com"><psavita@crlindia.com></a>wrote:<br>><br>> > Hello,<br>> ><br>> > I have been trying to get the optimum structure of LiH..H2O that has an<br>> > intramolecular dihydrogen bond, using pwscf.<br>> > I could get the proper structure earlier using mp2 theory and 6-31++g<br>> > basis.<br>> ><br>> > For pwscf, the species is enclosed in a cubic box of 25 bohr for gamma<br>> > point calculation.<br>> > I tried the pz lda, pbe gga as well we blyp PS for the atoms in this<br>> > system, however, the first and the last<br>> > lead to H2O..LiH, the latter LiH being linear while pbe gives LiH + H2,<br>> but<br>> > no dihydrogen bond. Is there any other PS<br>><br>> > that may lead to proper structure? Or is it that plane wave approach does<br>> > not suit systems of this kind?<br>> ><br>> > Thanks in advance and best regards,<br>> ><br>> > Savita Pundlik<br>> > Computational Materials Applied Research Group<br>> > Computational Research Laboratories Ltd.,<br>> > Taco House, Damle Path, Off Law College Road<br>> > Pune - 411004, India.<br>> ><br>> ><br>> ><br>> > _______________________________________________<br>> > Pw_forum mailing list<br>> > <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>> > <a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>> ><br>> ><br>><br>><br>> --<br>> PRASENJIT GHOSH,<br>> Assistant Professor,<br>> IISER Pune,<br>> First floor, Central Tower, Sai Trinity Building<br>> Garware Circle, Sutarwadi, Pashan<br>> Pune, Maharashtra 411021, India<br>><br>> Phone: +91 (20) 2590 8203<br>> Fax: +91 (20) 2589 9790<br>> -------------- next part --------------<br>> An HTML attachment was scrubbed...<br>> URL:<br>> <a href="http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/attachments/20110617/17d0a776/attachment-0001.htm">http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/attachments/20110617/17d0a776/attachment-0001.htm</a><br>><br>><br>> ------------------------------<br>><br>><br>> _______________________________________________<br>> Pw_forum mailing list<br>> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>> <a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>><br>><br>> End of Pw_forum Digest, Vol 48, Issue 45<br>> ****************************************<br>><br>><br>><br>> _______________________________________________<br>> Pw_forum mailing list<br>> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>> <a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>><br>><br><br><br>-- <br>PRASENJIT GHOSH,<br>Assistant Professor,<br>IISER Pune,<br>First floor, Central Tower, Sai Trinity Building<br>Garware Circle, Sutarwadi, Pashan<br>Pune, Maharashtra 411021, India<br><br>Phone: +91 (20) 2590 8203<br>Fax: +91 (20) 2589 9790<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <a href="http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/attachments/20110620/90bf5020/attachment.html">http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/attachments/20110620/90bf5020/attachment.html</a> <br><br>------------------------------<br><br>Message: 2<br>Date: Mon, 20 Jun 2011 09:21:23 +0200<br>From: Julen Ibanez Azpiroz <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:jibanez008@ikasle.ehu.es"><jibanez008@ikasle.ehu.es></a><br>Subject: Re: [Pw_forum] Testing pseudopotential<br>To: PWSCF Forum <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:pw_forum@pwscf.org"><pw_forum@pwscf.org></a><br>Message-ID: <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:BANLkTimVxsG6gV0cXGeyV=0_HQ8UdrpmGw@mail.gmail.com"><BANLkTimVxsG6gV0cXGeyV=0_HQ8UdrpmGw@mail.gmail.com></a><br>Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br><br>Hi Padmaja,<br><br>I think that in general it cannot be said that a PP is good or bad looking<br>just at the value you mention of AE-PS. Maybe you can try testing your PP in<br>some system in which you know the answer, for instance calculate the band<br>structure of bulk Cr and compare with known results. I see that in the<br>repository of QE PP there are a couple of scalar-relativistic Cr PP's, you<br>can check if their band structures match with yours (with lspinorb=.false.<br>in the case of your fully relat PP). Also you can try to compare this band<br>structure with some all-electron band structure. And finally, it is very<br>good to compare the lattice parameter obtained with your PP in bulk Cr with<br>the real value, I think they should differ at most in 5%. Hope this helps,<br><br><br><br>-- <br><br>?========================================<br> Julen Iba?ez Azpiroz<br> Materia Kondentsatuaren Fisika Saila<br> Zientzia eta Teknologia Fakultatea<br> Euskal Herriko Unibertsitatea<br> 644 Posta Kutxatila, 48080 Bilbo, Spain<br><br> Telefonoa: +34 946015326<br> Mail: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:jibanez008@ikasle.ehu.es">jibanez008@ikasle.ehu.es</a><br>========================================<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <a href="http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/attachments/20110620/3dbf194c/attachment-0001.htm">http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/attachments/20110620/3dbf194c/attachment-0001.htm</a> <br><br>------------------------------<br><br>_______________________________________________<br>Pw_forum mailing list<br><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br><a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br><br><br>End of Pw_forum Digest, Vol 48, Issue 51<br>****************************************<br></font> </blockquote><br></div></font>