<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Wingdings;
        panose-1:5 0 0 0 0 0 0 0 0 0;}
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:"Malgun Gothic";
        panose-1:2 11 5 3 2 0 0 2 0 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:"Malgun Gothic";
        panose-1:2 11 5 3 2 0 0 2 0 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
tt
        {mso-style-priority:99;
        font-family:"Courier New";}
p.MsoListParagraph, li.MsoListParagraph, div.MsoListParagraph
        {mso-style-priority:34;
        margin-top:0in;
        margin-right:0in;
        margin-bottom:0in;
        margin-left:.5in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
span.PlainTextChar
        {mso-style-name:"Plain Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text";
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:85.05pt 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
/* List Definitions */
@list l0
        {mso-list-id:710156601;
        mso-list-type:hybrid;
        mso-list-template-ids:-711787948 1337119378 67698691 67698693 67698689 67698691 67698693 67698689 67698691 67698693;}
@list l0:level1
        {mso-level-start-at:0;
        mso-level-number-format:bullet;
        mso-level-text:-;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        mso-fareast-font-family:"Malgun Gothic";}
@list l0:level2
        {mso-level-number-format:bullet;
        mso-level-text:o;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;
        font-family:"Courier New";}
@list l0:level3
        {mso-level-number-format:bullet;
        mso-level-text:\F0A7;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;
        font-family:Wingdings;}
@list l0:level4
        {mso-level-number-format:bullet;
        mso-level-text:\F0B7;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;
        font-family:Symbol;}
@list l0:level5
        {mso-level-number-format:bullet;
        mso-level-text:o;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;
        font-family:"Courier New";}
@list l0:level6
        {mso-level-number-format:bullet;
        mso-level-text:\F0A7;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;
        font-family:Wingdings;}
@list l0:level7
        {mso-level-number-format:bullet;
        mso-level-text:\F0B7;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;
        font-family:Symbol;}
@list l0:level8
        {mso-level-number-format:bullet;
        mso-level-text:o;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;
        font-family:"Courier New";}
@list l0:level9
        {mso-level-number-format:bullet;
        mso-level-text:\F0A7;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;
        font-family:Wingdings;}
@list l1
        {mso-list-id:2090347705;
        mso-list-type:hybrid;
        mso-list-template-ids:1678547564 67698703 67698713 67698715 67698703 67698713 67698715 67698703 67698713 67698715;}
@list l1:level1
        {mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;}
@list l1:level2
        {mso-level-number-format:alpha-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;}
@list l1:level3
        {mso-level-number-format:roman-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:right;
        text-indent:-9.0pt;}
@list l1:level4
        {mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;}
@list l1:level5
        {mso-level-number-format:alpha-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;}
@list l1:level6
        {mso-level-number-format:roman-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:right;
        text-indent:-9.0pt;}
@list l1:level7
        {mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;}
@list l1:level8
        {mso-level-number-format:alpha-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;}
@list l1:level9
        {mso-level-number-format:roman-lower;
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:right;
        text-indent:-9.0pt;}
ol
        {margin-bottom:0in;}
ul
        {margin-bottom:0in;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal>Dear QE users,<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>I need your help in figuring out how I can restart NEB calculations in new QE V.4.3. In particular,<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>- As an initial step, based on advice from Dr. Lorenzo Paulatto (http://www.quantum-espresso.org/user_guide/node29.html), all atoms except moving (or problematic) atom are all fixed ( by adding 0 0 0 after coordination of each atom) and NEB calculation was performed. For running job, I used a single input file with command-line options “<tt><span style='font-size:10.0pt'>neb.x -inp</span></tt> “. Luckily, I got converged images. <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>- For next step, I needed to let all atoms for each image be relaxed. To do so, <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>   a. I modified initial input file (which contains both neb.dat and pw_*.in files) as 0 0 0 --> 1 1 1  and added restart_mode = ‘restart’, line. This didn’t work. What I mean by this didn’t work is that 0 0 0 was not changed to 1 1 1. <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>   b. I modified *.path as 0 0 0 --> 1 1 1. This also didn’t work. Same as case a.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>   c. I modified pw_*.in as 0 0 0 --> 1 1 1. Now, it looks like working fine. <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>What I did to check whether the job is working fine is to see whether coordinates in PW.out of each image directory are followed by 0 0 0 or not. <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>My questions are:<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>1. “Exactly”, what kind of files should be modified to restart NEB calculations in new QE? (especially, 0 0 0-->1 1 1)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>2. If I made mistakes in my calculations, which parts do I need to modify?<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>3. Any additional suggestions?<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p><p class=MsoPlainText>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p><p class=MsoPlainText>Chan-Woo Lee,  Ph. D.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p><p class=MsoPlainText>Department of Chemistry, University of Pennsylvania<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p><p class=MsoPlainText>231 South 34th Street, Philadelphia, PA 19104-6323<o:p></o:p></p></div></body></html>