<font face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2"><div>Hello Padmaja,<br><br>I have seen a paper in Computer Phys. Commun. (Vol. 178, April 2008) by Oliveira & Nogueira, where the code for generating the same called APE is described.<br>Hope this is available to you.<br><br>Thanks and best wishes,<br><br></div><div><font face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2"><div><font style="font-family: Georgia,Default Serif,serif; font-weight: bold;" color="#0000ff"><font color="#999900">Savita Pundlik</font></font><br style="font-family: Georgia,Default Serif,serif;"><span style="font-family: Georgia,Default Serif,serif;"><font><font color="#999900">Computational Materials </font></font></span><font color="#999900">Applied Research Group</font><br style="font-family: Georgia,Default Serif,serif;"><span style="font-family: Georgia,Default Serif,serif; font-weight: bold;"><font><font color="#999900">Computational Research Laboratories Ltd.,</font></font></span><br style="font-family: Georgia,Default Serif,serif;"><span style="font-style: italic; font-family: Georgia,Default Serif,serif;"><font><font color="#999900">Taco House, Damle Path, Off Law College Road</font></font></span><br style="font-style: italic; font-family: Georgia,Default Serif,serif;"><span style="font-style: italic; font-family: Georgia,Default Serif,serif;"><font><font color="#999900">Pune - 411004, India.</font></font></span><br><br></div></font><br><div><br></div><font color="#990099">-----pw_forum-bounces@pwscf.org wrote: -----<br><br></font><blockquote style="padding-right: 0px; padding-left: 5px; margin-left: 5px; border-left: 2px solid #000000; margin-right: 0px;">To: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a><br>From: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum-request@pwscf.org">pw_forum-request@pwscf.org</a><br>Sent by: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum-bounces@pwscf.org">pw_forum-bounces@pwscf.org</a><br>Date: 06/09/2011 08:40PM<br>Subject: Pw_forum Digest, Vol 48, Issue 21<br><br><font face="Courier New,Courier,monospace" size="3">Send Pw_forum mailing list submissions to<br><span>    </span>      <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a><br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br><span>    </span>     <a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br><span>    </span>      <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum-request@pwscf.org">pw_forum-request@pwscf.org</a><br><br>You can reach the person managing the list at<br><span>    </span> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum-owner@pwscf.org">pw_forum-owner@pwscf.org</a><br><br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>than "Re: Contents of Pw_forum digest..."<br><br><br>Today's Topics:<br><br>   1. Re: compile MPI+OpenMP version (Paolo Giannozzi)<br>   2. Re: compile MPI+OpenMP version (Gabriele Sclauzero)<br>   3. Re: Doubt in spin orbit coupling (Gabriele Sclauzero)<br>   4. Re: HSE screening parameter (<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:hannu.komsa@epfl.ch">hannu.komsa@epfl.ch</a>)<br>   5. Fully relativistic pseudopotential (Padmaja Patnaik)<br>   6. Interface model and calculation with pwscf. (Hongsheng Zhao)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>Date: Thu, 9 Jun 2011 11:34:11 +0200<br>From: Paolo Giannozzi <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:giannozz@democritos.it"><giannozz@democritos.it></a><br>Subject: Re: [Pw_forum] compile MPI+OpenMP version<br>To: PWSCF Forum <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:pw_forum@pwscf.org"><pw_forum@pwscf.org></a><br>Message-ID: <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:00BDE42A-3655-4496-BD1A-EB7696463841@democritos.it"><00BDE42A-3655-4496-BD1A-EB7696463841@democritos.it></a><br>Content-Type: text/plain; charset=US-ASCII; format=flowed<br><br><br>On Jun 9, 2011, at 3:44 , Huiqun Zhou wrote:<br><br>> Yes, I had used that option.<br><br>that option selects the correct library  (-lmkl_intel_thread)<br>><br><br><br>P.<br>---<br>Paolo Giannozzi, Dept of Chemistry&Physics&Environment,<br>Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br><br><br><br><br><br><br>------------------------------<br><br>Message: 2<br>Date: Thu, 9 Jun 2011 11:36:27 +0200<br>From: Gabriele Sclauzero <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:sclauzer@sissa.it"><sclauzer@sissa.it></a><br>Subject: Re: [Pw_forum] compile MPI+OpenMP version<br>To: PWSCF Forum <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:pw_forum@pwscf.org"><pw_forum@pwscf.org></a><br>Message-ID: <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:CAF15030-E4CB-471E-BB5B-90FD9F00AB6B@sissa.it"><CAF15030-E4CB-471E-BB5B-90FD9F00AB6B@sissa.it></a><br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br><br>Il giorno 09/giu/2011, alle ore 03.44, Huiqun Zhou ha scritto:<br><br>> Paolo,<br>> <br>> Yes, I had used that option. My question is that which library we should <br>> choose, the multi-thread<br>> version, libmkl_intel_thread.a or the sequential version, <br>> libmkl_sequential.a, of Intel MKL when<br>> compiling mixed MPI+OpenMP version of qe? Or, in other words, do we need to <br>> take advantage<br>> of multi-threading functinality of Intel MKL when compiling MPI+OpenMP <br>> version?<br><br>That's a good question, maybe it has already been asked, so you might gather some information on the archives. I don't know if anyone has a clear answer to it. It looks to me that the threaded MKL are not so efficient (i.e. you will probably not gain much by running more than one thread on a multicore cpu). If you could do some testing and share with us it would be nice. This might also depend a lot on the hardware that you have at hand and on the MKL version (maybe things have been improved in the meanwhile), so please specify both. You could do this test even in serial mode (without MPI compilation), it should already give some answers.<br><br>If you compile MPI+OpenMP, it means that you are going to do large scale calculations (i.e., lots of atoms, lots of cpus,...). Then, remember that's very important to link against ScaLapack libraries. <br><br><br>Regards,<br><br>GS<br><br>> <br>> Thanks!<br>> <br>> zhou huiqun<br>> @earth sciences, nanjing university, china<br>> <br>> <br>> ----- Original Message ----- <br>> From: "Paolo Giannozzi" <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:giannozz@democritos.it"><giannozz@democritos.it></a><br>> To: "PWSCF Forum" <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:pw_forum@pwscf.org"><pw_forum@pwscf.org></a><br>> Sent: Wednesday, June 08, 2011 9:55 PM<br>> Subject: Re: [Pw_forum] compile MPI+OpenMP version<br>> <br>> <br>>> <br>>> On Jun 8, 2011, at 11:39 , Huiqun Zhou wrote:<br>>> <br>>>> for MPI+OpenMP, should I use libmkl_intel_thread.a instead?<br>>> <br>>> you should use "./configure --enable-openmp [other options]"<br>>> <br>>> P.<br>>> ---<br>>> Paolo Giannozzi, Dept of Chemistry&Physics&Environment,<br>>> Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>>> Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br>>> <br>>> <br>>> <br>>> <br>>> _______________________________________________<br>>> Pw_forum mailing list<br>>> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>>> <a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>>> <br>> <br>> <br>> _______________________________________________<br>> Pw_forum mailing list<br>> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>> <a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br><br><br>? Gabriele Sclauzero, EPFL SB ITP CSEA<br>   PH H2 462, Station 3, CH-1015 Lausanne<br><br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <a href="http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/attachments/20110609/e61460bc/attachment-0001.htm">http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/attachments/20110609/e61460bc/attachment-0001.htm</a> <br><br>------------------------------<br><br>Message: 3<br>Date: Thu, 9 Jun 2011 11:39:36 +0200<br>From: Gabriele Sclauzero <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:sclauzer@sissa.it"><sclauzer@sissa.it></a><br>Subject: Re: [Pw_forum] Doubt in spin orbit coupling<br>To: PWSCF Forum <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:pw_forum@pwscf.org"><pw_forum@pwscf.org></a><br>Message-ID: <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:34F36A68-9437-4EEC-82A0-4B24073B1820@sissa.it"><34F36A68-9437-4EEC-82A0-4B24073B1820@sissa.it></a><br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>Not that is implemented in the PWscf, as far as I know. You need to do non-collinear calculations and use the corresponding fully-relativistic pseudopotentials. These are much more expensive than the scalar-relativistic calculations<br><br>HTH<br><br>GS<br><br><br>Il giorno 09/giu/2011, alle ore 11.03, Padmaja Patnaik ha scritto:<br><br>> I have done spin polarized calculations with transition metal impurity in SiC. I am using scalar relativistic pseudopotentials. Have taken starting magnetization on Si and C as zero and on the transition metal as 0.5. The output of scf, dos and projected dos calculations are with me. Now I want to do spin-orbit coupling calculations for the same sample. The scf calcualtion takes very long time with supercells. Is there any method of doing the spin-orbit calculations on the same sample (SiC with transition metal) by taking these available results? <br>> <br>> Regards<br>> Padmaja Patnaik<br>> Research Scholar<br>> Dept of Physics<br>> IIT Bombay<br>> Mumbai, India<br>> <br>> --- On Thu, 9/6/11, <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum-request@pwscf.org">pw_forum-request@pwscf.org</a> <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:pw_forum-request@pwscf.org"><pw_forum-request@pwscf.org></a><br>> Message: 1<br>> Date: Thu, 9 Jun 2011 09:03:53 +0200<br>> From: Stefano Baroni <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:baroni@sissa.it"><baroni@sissa.it></a><br>> Subject: Re: [Pw_forum] Doubt in spin orbit coupling<br>> To: PWSCF Forum <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:pw_forum@pwscf.org"><pw_forum@pwscf.org></a><br>> Message-ID: <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:5D08AAE6-EBAF-4B22-A4DD-D5E2C532FABE@sissa.it"><5D08AAE6-EBAF-4B22-A4DD-D5E2C532FABE@sissa.it></a><br>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>> <br>> Because the magnitude of spin-orbit effects grows as the square of the atomic number (see e.g., Landau and Lifschitz, Quantum Mechanics, Sec. 72, 4th unnumbered Eq. after Eq. 72.3). SB<br>> <br>> On Jun 9, 2011, at 6:43 AM, Padmaja Patnaik wrote:<br>> <br>> > Hi All<br>> > <br>> > I have a querry regarding spin orbit coupling. While doing calcualtions with a semiconductor with a heavy element as impurity, is it necessary to do spin-orbit coupling? I am using scalar-relavistic pseudopotential for the impurity element. <br>> > <br>> > Thanks in advance.<br>> > Regards<br>> > <br>> > Padmaja Patnaik<br>> > Research Scholar<br>> > Dept of Physics<br>> > IIT Bombay<br>> > Mumbai, India<br>> > _______________________________________________<br>> > Pw_forum mailing list<br>> > <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>> > <a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>> <br>> ---<br>> Stefano Baroni - SISSA  &  DEMOCRITOS National Simulation Center - Trieste<br>> <a href="http://stefano.baroni.me">http://stefano.baroni.me</a> [+39] 040 3787 406 (tel) -528 (fax) / stefanobaroni (skype)<br>> <br>> <br>> _______________________________________________<br>> Pw_forum mailing list<br>> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>> <a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br><br><br>? Gabriele Sclauzero, EPFL SB ITP CSEA<br>   PH H2 462, Station 3, CH-1015 Lausanne<br><br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <a href="http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/attachments/20110609/b6ee51d1/attachment-0001.htm">http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/attachments/20110609/b6ee51d1/attachment-0001.htm</a> <br><br>------------------------------<br><br>Message: 4<br>Date: Thu, 09 Jun 2011 12:12:10 +0200<br>From: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:hannu.komsa@epfl.ch">hannu.komsa@epfl.ch</a><br>Subject: Re: [Pw_forum] HSE screening parameter<br>To: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a><br>Message-ID: <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:20110609121210.20253dyi05b3ic1m@webmail.epfl.ch"><20110609121210.20253dyi05b3ic1m@webmail.epfl.ch></a><br>Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; DelSp="Yes";<br><span>    </span>      format="flowed"<br><br><br>As discussed just about a week ago, the HSE version implemented in QE  <br>is HSE06:<br><a href="http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/2011-May/020690.html">http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/2011-May/020690.html</a><br><br>For changing the screening parameter, there is an input parameter  <br>called 'screening_parameter' in system (default=0.106). For changing  <br>the fraction of the exact exchange, use 'exx_fraction' also in system  <br>(default=0.25). I guess these are not documented anywhere in the  <br>official distribution...<br><br><br>Best regards,<br>   Hannu-Pekka Komsa<br>   EPFL, Switzerland<br><br><br>> Dear all<br>><br>> I would like to ask is it possible for user to change the screening<br>> parameters in HSE method.<br>><br>> The version I used is 4.2. currently, I noticed the screening parameter<br>> is 0.106, that would corresponding to the HSE03 (if I'm correct).<br>> I want to use HSE06, so, can I change this parameter to 0.11? If yes,<br>> could some tell me how to set it? I can't find the one control the<br>> screening parameter.<br>><br>> Thank you<br>><br>> regards<br>> Maofeng<br><br><br><br>------------------------------<br><br>Message: 5<br>Date: Thu, 9 Jun 2011 14:51:45 +0100 (BST)<br>From: Padmaja Patnaik <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:padmaja_patnaik@yahoo.co.uk"><padmaja_patnaik@yahoo.co.uk></a><br>Subject: [Pw_forum] Fully relativistic pseudopotential<br>To: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:pw_forum@pwscf.org">pw_forum@pwscf.org</a><br>Message-ID: <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:29360.61761.qm@web28506.mail.ukl.yahoo.com"><29360.61761.qm@web28506.mail.ukl.yahoo.com></a><br>Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br><br>Hi All <br>I need fully relativistic pseudopoential for Cr and Mn. Anybody having it? If possible please share. <br>Thanking in advance,<br><br>Regards<br><br>Padmaja Patnaik<br><br>Research Scholar<br><br>Dept of Physics<br><br>IIT Bombay<br><br>Mumbai, India<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <a href="http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/attachments/20110609/abf98f99/attachment-0001.htm">http://www.democritos.it/pipermail/pw_forum/attachments/20110609/abf98f99/attachment-0001.htm</a> <br><br>------------------------------<br><br>Message: 6<br>Date: Thu, 09 Jun 2011 23:10:11 +0800<br>From: Hongsheng Zhao <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:zhaohscas@yahoo.com.cn"><zhaohscas@yahoo.com.cn></a><br>Subject: [Pw_forum] Interface model and calculation with pwscf.<br>To: PWSCF Forum <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:pw_forum@pwscf.org"><pw_forum@pwscf.org></a><br>Message-ID: <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:4DF0E253.90908@yahoo.com.cn"><4DF0E253.90908@yahoo.com.cn></a><br>Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br><br>Hi all,<br><br>Does someone here has the experience on studing the *interface* with pwscf.<br><br>Could someone please give some hints on the  model file and the <br>calculation  steps?<br><br>Regards.<br>-- <br>Hongsheng Zhao <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:zhaohscas@yahoo.com.cn"><zhaohscas@yahoo.com.cn></a><br>School of Physics and Electrical Information Science,<br>Ningxia University, Yinchuan 750021, China<br><br><br>------------------------------<br><br>_______________________________________________<br>Pw_forum mailing list<br><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br><a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br><br><br>End of Pw_forum Digest, Vol 48, Issue 21<br>****************************************<br></font> </blockquote><br></div></font>