<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    OK. I think it could be a "memory - cache" related problem.<br>
    <br>
    I did the same test with lower cut-off (still 6 CPUs).<br>
    Now my serial run used 0.2 % of the memory and my parallel around
    1.3% <br>
    <br>
    The parallelization over the fft grid is still faster, but the kpts
    parallelization now is faster than the serial run.<br>
    Serial:                            PWSCF        :  1m 3.14s CPU
    time,     1m 4.05s WALL time<br>
    fft grid parallelization:   PWSCF        :      15.46s CPU time,    
         16.36s WALL time<br>
    kpts parallelization:       PWSCF        :      35.98s CPU
    time,          36.47s WALL time<br>
    <br>
    Thank you and best regards,<br>
    Davide<br>
    <br>
    <br>
    On 02/14/2011 02:49 PM, Gabriele Sclauzero wrote:
    <blockquote cite="mid:50807287-9445-4387-890A-C72DDD91F789@sissa.it"
      type="cite">Dear Davide,
      <div><br>
      </div>
      <div>  it might be a memory-contention problem, since CPU cache
        sizes are of the order of a few MB. Please provide the detailed
        timings at the end of the runs (that are the first thing one
        should look at in order to interpret these kind of speedup
        tests).</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Next time please take a few seconds to sign your post using
        full name and affiliation.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Regards,</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>GS</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
        <div>
          <div>Il giorno 14/feb/2011, alle ore 12.18, Davide Sangalli ha
            scritto:</div>
          <br class="Apple-interchange-newline">
          <blockquote type="cite">
            <div>Thank you for the answer.<br>
              <br>
              I did a check to be sure, but these jobs use only few MB
              of memory.<br>
              The serial run uses just 2.5% of my node memory (so around
              15% for the <br>
              run on 6 CPUs).<br>
              It does not seems to me that this could be the problem.<br>
              Moreover in the fft parallelization the memory was not
              distributed neither.<br>
              <br>
              Is it possible that pwscf is not properly compiled?<br>
              Is there any other check that you would suggest to do?<br>
              <br>
              Best regards,<br>
              Davide<br>
              <br>
              *************************************<br>
                   Largest allocated arrays     est. size (Mb)
                  dimensions<br>
                      Kohn-Sham Wavefunctions         5.68 Mb     (
                6422,  58)<br>
                      NL pseudopotentials            13.33 Mb     (
                6422, 136)<br>
                      Each V/rho on FFT grid          7.81 Mb     (
              512000)<br>
                      Each G-vector array             1.76 Mb     (
              230753)<br>
                      G-vector shells                 0.09 Mb     (
               12319)<br>
                   Largest temporary arrays     est. size (Mb)
                  dimensions<br>
                      Auxiliary wavefunctions        22.73 Mb     (
                6422, 232)<br>
                      Each subspace H/S matrix        0.82 Mb     (
                 232, 232)<br>
                      Each <psi_i|beta_j> matrix      0.12 Mb
                  (    136,  58)<br>
                      Arrays for rho mixing          62.50 Mb     (
              512000,   8)<br>
                   writing wfc files to a dedicated directory<br>
              <br>
              <br>
              On 02/14/2011 11:34 AM, Paolo Giannozzi wrote:<br>
              <blockquote type="cite">Davide Sangalli wrote:<br>
              </blockquote>
              <blockquote type="cite"><br>
              </blockquote>
              <blockquote type="cite">
                <blockquote type="cite">What could my problem be?<br>
                </blockquote>
              </blockquote>
              <blockquote type="cite">the only reason I can think of is
                that k-point parallelization doesn't<br>
              </blockquote>
              <blockquote type="cite">(and cannot) distribute memory, so
                the total memory requirement will<br>
              </blockquote>
              <blockquote type="cite">be npools*(size of serial
                execution). If you run on the same node six<br>
              </blockquote>
              <blockquote type="cite">instances of a large executable,
                memory conflicts may slow down more<br>
              </blockquote>
              <blockquote type="cite">than parallelization can speed up.<br>
              </blockquote>
              <blockquote type="cite"><br>
              </blockquote>
              <blockquote type="cite">P.<br>
              </blockquote>
              _______________________________________________<br>
              Pw_forum mailing list<br>
              <a moz-do-not-send="true" href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
              <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
            </div>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
        <div>
          <span class="Apple-style-span" style="border-collapse:
            separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica;
            font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal;
            font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height:
            normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none;
            white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;">
            <div><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(126,
                126, 126); font-size: 16px; font-style: italic;"><br
                  class="Apple-interchange-newline">
                § Gabriele Sclauzero, EPFL SB ITP CSEA</span></div>
            <div><font class="Apple-style-span" color="#7e7e7e"><i>   PH
                  H2 462, Station 3, CH-1015 Lausanne</i></font></div>
          </span>
        </div>
        <br>
      </div>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
Pw_forum mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    Davide Sangalli<br>
    MDM labs, IMM, CNR.<br>
    Agrate (MI) Italy<br>
  </body>
</html>