<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear Changru<br><br>Thank very much for your answer.<br><br>The routines in Daan Frenkel and Berend Smit's book is are not suitable for postprocessing the *.pos file. Maybe these could give an idea, but I would like to have a routine that could help in postprocessing the *.pos file.<br><br>Secondly, what about the "Means square Displacement" printed every "isave" step in the *.out file? I though one could collect all the printed MSDs in one file to build the total MSD for all ions. Is this correct?<br><br>Thank once again for your help<br><br><br>********************************<br>Bertrand SITAMTZE YOUMBI, PhD<br>Laboratory of Material Sciences<br>University of Yaounde I-Cameroon<br>*****************************<br><br>--- En date de : <b>Lun 17.1.11, Changru Ma <i><crma@sissa.it></i></b> a écrit :<br><blockquote style="border-left: 2px solid
 rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>De: Changru Ma <crma@sissa.it><br>Objet: Re: [Pw_forum] Mean Square Displacement (MSD) of atoms<br>À: "PWSCF Forum" <pw_forum@pwscf.org><br>Date: Lundi 17 janvier 2011, 23h15<br><br><div id="yiv474574737">Dear Bertrand,<div><br><div>Positions of each ions during the dynamics will be written in $outdir/prefix.pos every iprint steps. They are sorted by specie, and converted to real a.u. coordinates.</div><div><br></div><div>You have to write a code yourself to calculate the MSD. Understanding molecular simulation: from algorithms to applications by Daan Frenkel and Berend Smit page 91 and page 95 might be helpful.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Changru</div><div><br><div><div>On 17 Jan, 2011, at 18:06, Bertrand SITAMTZE wrote:</div><br class="yiv474574737Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><table border="0" cellpadding="0"
 cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top">Dear all,<br><br>I have performed ab-initio Molecular Dynamics within the CP code and I would like to collect the MSD of each ions during the dynamics.<br><br>Please could somebody tell me how to proceed from QE output?<br><br>Thanks very much for your answers<br><br>********************************<br>Bertrand SITAMTZE YOUMBI, PhD<br>Laboratory of Material Sciences<br>University of Yaounde I-Cameroon<br>*****************************<br><br></td></tr></tbody></table><br>




      _______________________________________________<br>Pw_forum mailing list<br><a rel="nofollow" ymailto="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank" href="/mc/compose?to=Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum<br></blockquote></div><br><div>
---<br>Changru Ma<br>SISSA & Theory@Elettra group<br>email: <a rel="nofollow" ymailto="mailto:crma@sissa.it" target="_blank" href="/mc/compose?to=crma@sissa.it">crma@sissa.it</a><br>tel: +39 040 375 8713 (Elettra)<br>      +39 040 378 7870 (SISSA)<br><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.sissa.it/%7Ecrma">http://www.sissa.it/~crma</a><br>---
</div>
<br></div></div></div><br>-----La pièce jointe associée suit-----<br><br><div class="plainMail">_______________________________________________<br>Pw_forum mailing list<br><a ymailto="mailto:Pw_forum@pwscf.org" href="/mc/compose?to=Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br><a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br></div></blockquote></td></tr></table><br>