<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear Giovanni<br><br>Thanks for your reply.<br><br>How to remove the artificial<br>translation when processing the coordinates?<br><br>Thanks once again.<br><br><br><br>--- En date de : <b>Mar 18.1.11, Giovanni La Penna <i><glapenna@iccom.cnr.it></i></b> a écrit :<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>De: Giovanni La Penna <glapenna@iccom.cnr.it><br>Objet: Re: [Pw_forum] Mean Square Displacement (MSD) of atoms<br>À: "PWSCF Forum" <pw_forum@pwscf.org><br>Date: Mardi 18 janvier 2011, 11h01<br><br><div class="plainMail"><br>Just a warning when adapting a code for msqd calculation.<br>Maybe it is well known, but repetita iuvant.<br><br>The *.pos trajectory files can be processed directly<br>because the atoms are free to exit the cell. In the<br>case of animated xsf
 files (those produced by cppp and<br>visible for graphical manipulations with Vmd or Xcrysden)<br>atoms that exit the cell are inserted from the opposite side.<br>In the jargon, they are wrapped in the cell.<br>So, in this latter case, do not forget to remove the artificial<br>translation when processing the coordinates.<br><br>               Giovanni<br><br>============================================================<br>Giovanni La Penna - National research council (Cnr)<br>Institute for chemistry of organo-metallic compounds (Iccom)<br>via Madonna del Piano 10,<br>I-50019 Sesto Fiorentino, Firenze, Italy<br>tel.: +39 055 522-5264, fax: +39 055 522-5203<br>e-mail: <a ymailto="mailto:glapenna@iccom.cnr.it" href="/mc/compose?to=glapenna@iccom.cnr.it">glapenna@iccom.cnr.it</a> - <a href="http://www.iccom.cnr.it/lapenna" target="_blank">http://www.iccom.cnr.it/lapenna</a><br>skype:
 giovannilapenna<br>============================================================<br><br>_______________________________________________<br>Pw_forum mailing list<br><a ymailto="mailto:Pw_forum@pwscf.org" href="/mc/compose?to=Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br><a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br></div></blockquote></td></tr></table><br>