<br>Dear colleagues, <br>I am beginner user of the Quantum-Espresso. My task is the simulation 32 water molecules (H2O). I have still some problems. The main of them is a variable-cell MD with cp.x code under constantly high pressure in the (NpT - ensemble). Another words, I am exploring 32 molecules of water under high pressure and specific temperature. My script to this case is<br>
<br># Electronical + Ionic Dynamics + NOSE thermostat on ions + <br><br>&CONTROL<br>title = ' Water 32 Molecules ',<br>calculation = 'vc-cp',<br>restart_mode = 'restart',<br>ndr = 51,<br>ndw = 52,<br>
nstep = 2000,<br>iprint = 10, <br>isave = 10,<br>tstress = .TRUE.,<br>tprnfor = .TRUE.,<br>dt = 4.0d0,<br>etot_conv_thr = 1.d-9,<br>ekin_conv_thr = 1.d-4,<br>prefix = 'h2o_mol'<br>pseudo_dir = './pseudo/'<br>
outdir = './tmp/'<br>/<br><br>&SYSTEM<br>ibrav = 14, <br>celldm(1) = 18.65,<br>celldm(2) = 1.0,<br>celldm(3) = 1.0, <br>celldm(4) = 0.0, <br>celldm(5) = 0.0,<br>celldm(6) = 0.0, <br>nat = 96,<br>ntyp = 2,<br>nbnd = 128,<br>
nelec = 256,<br>ecutwfc = 70.0,<br>ecfixed = 68.0,<br>qcutz = 68.0,<br>q2sigma = 8.0,<br>xc_type = 'BLYP',<br>/<br><br>&ELECTRONS<br>emass = 300.d0,<br>emass_cutoff = 2.5d0,<br>orthogonalization = 'ortho',<br>
electron_dynamics = 'verlet',<br>electron_velocities = 'zero',<br>ortho_eps = 5.d-8,<br>ortho_max = 15,<br>/<br><br>&IONS<br>ion_dynamics = 'verlet',<br>ion_temperature = 'nose',<br>!ion_velocities = 'zero',<br>
tempw = 277.0,<br>fnosep = 48,<br><br>ion_radius(1) = 0.8d0,<br>ion_radius(2) = 0.5d0,<br>/<br><br>&CELL<br>cell_dynamics = 'pr',<br>!cell_velocities = 'zero',<br>press = 0.2d0,<br>wmass = 79859.24<br>
/<br><br>ATOMIC_SPECIES<br>O 16.0d0 O.BLYP.UPF 4<br>H 1.0079d0 H.fpmd.UPF 4<br><br>ATOMIC_POSITIONS (crystal) !(bohr)<br>O 0.3342 0.3858 0.1702<br>O 0.6681 0.0772 0.0996<br>O 0.4894 0.2752 0.9664<br>O 0.8374 0.0165 0.8885<br>
O 0.4164 0.1406 0.5374<br>O 0.9200 0.2746 0.7479<br>O 0.9298 0.6759 0.0546<br>O 0.5197 0.5773 0.2470<br>O 0.8453 0.2308 0.2531<br>O 0.7080 0.4512 0.1102<br>O 0.6297 0.6739 0.4697<br>O 0.6889 0.4428 0.8100<br>O 0.9273 0.8859 0.2748<br>
O 0.7260 0.9572 0.4514<br>O 0.9539 0.6297 0.6304<br>O 0.0634 0.4197 0.2665<br>O 0.0088 0.1409 0.5073<br>O 0.8042 0.4375 0.4942<br>O 0.6981 0.1893 0.5833<br>O 0.2908 0.5198 0.5234<br>O 0.1835 0.3971 0.7808<br>O 0.2450 0.2024 0.3474<br>
O 0.3062 0.1574 0.7995<br>O 0.4465 0.8389 0.2161<br>O 0.1931 0.5738 0.0049<br>O 0.1879 0.9665 0.1899<br>O 0.0876 0.6667 0.4085<br>O 0.2637 0.7476 0.7879<br>O 0.5203 0.6329 0.7214<br>O 0.3714 0.8763 0.4899<br>O 0.7915 0.8290 0.7054<br>
O 0.1436 0.9899 0.9297<br>H 0.3742 0.3360 0.0929<br>H 0.3150 0.3226 0.2472<br>H 0.9405 0.1804 0.4516<br>H 0.6062 0.0086 0.1372<br>H 0.7231 0.0354 0.0264<br>H 0.5460 0.2002 0.9884<br>H 0.5502 0.3269 0.9029<br>H 0.8537 0.1049 0.8480<br>
H 0.4251 0.0432 0.5210<br>H 0.3722 0.1543 0.6275<br>H 0.7041 0.0486 0.4909<br>H 0.9378 0.2191 0.6620<br>H 0.9083 0.7339 0.1314<br>H 0.5940 0.5403 0.1919<br>H 0.4413 0.5140 0.2303<br>H 0.7975 0.1623 0.1939<br>H 0.9351 0.2490 0.2169<br>
H 0.7495 0.3794 0.1764<br>H 0.7769 0.5261 0.0949<br>H 0.7242 0.6488 0.4514<br>H 0.5812 0.6156 0.4033<br>H 0.7610 0.3991 0.7586<br>H 0.7253 0.4549 0.9012<br>H 0.9805 0.8118 0.3158<br>H 0.8774 0.9234 0.3508<br>H 0.8266 0.9432 0.8185<br>
H 0.6439 0.9054 0.4658<br>H 0.9099 0.7082 0.6739<br>H 0.1146 0.3475 0.3129<br>H 0.1177 0.4592 0.1936<br>H 0.0984 0.1864 0.4941<br>H 0.8732 0.4903 0.5432<br>H 0.8466 0.4047 0.4105<br>H 0.5983 0.1849 0.5758<br>H 0.7255 0.2866 0.5619<br>
H 0.2468 0.6010 0.4948<br>H 0.3655 0.5512 0.5766<br>H 0.2218 0.4478 0.6984<br>H 0.2272 0.3027 0.7736<br>H 0.0089 0.3172 0.7749<br>H 0.3206 0.1756 0.4126<br>H 0.2308 0.1250 0.2800<br>H 0.2420 0.1027 0.8550<br>H 0.3752 0.1963 0.8703<br>
H 0.3477 0.8559 0.1901<br>H 0.4738 0.7418 0.2103<br>H 0.0297 0.6626 0.0605<br>H 0.2668 0.5360 0.0599<br>H 0.1691 0.9883 0.0958<br>H 0.0952 0.9378 0.2237<br>H 0.0161 0.6488 0.4768<br>H 0.0940 0.5739 0.3729<br>H 0.2728 0.6995 0.8762<br>
H 0.3551 0.7479 0.7517<br>H 0.5812 0.5576 0.7579<br>H 0.5605 0.6617 0.6349<br>H 0.1741 0.5139 0.9284<br>H 0.3026 0.8058 0.5084<br>H 0.4067 0.8573 0.3940<br>H 0.7040 0.7965 0.7365<br>H 0.7716 0.8608 0.6097<br>H 0.0148 0.6043 0.7064<br>
H 0.1834 0.9112 0.8662<br><div>H 0.0492 0.9894 0.9207<br></div><div><br></div>KSOUT<br>2<br><div>1 4<br></div><div><br></div>this is 7 step, when the system is relaxing and there is the electron and ion dynamics and then at the 7 step I have adding the pressure on system. <br>
The value for "wmass" in CELL section I got from the previous step. During the calculation I have one problem: in the step7.out file the value of (XNHH0 - position of Nose' for cell) became equals to infinity from approximately 1000-1500 time steps. Why is it?<br>
<div>I will be very glad for answer on this problem.<br></div><div><br></div>-----------------------------------------------------------------<br>With best wishes, Artem R.<br><br>Dr. Artem R. Khabibullin<br>Department of Theoretical Physics,<br>
Kazan Federal University. <br>