Dear nicola,<br><br>thank you for you reply.<br><br>I got another question after reading you repy.<br><br>I random all the atoms that allowed to move during the simulation including the upper half of the slab and the adsorbate on the surface.<br>
I think what I want to see is the reaction on the surface. So should I only random the adsorbate with the all the atoms in slab fixed?<br>Do you think this method will be more easy to achieve the desired temperature?<br><br>
By the way, during the NVE calculation, is there a command to keep the energy of the system?<br><br>best<br><br>vega<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Nov 28, 2009 at 6:47 AM, Nicola Marzari <span dir="ltr"><<a href="mailto:marzari@mit.edu">marzari@mit.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">vega lew wrote:<br>
> Dear nicola,<br>
><br>
> thank you suggestion.<br>
> I'll make the NVE calculation after random the ions.<br>
><br>
> I wonder what temperature is demand for the NVE?<br>
> if the temperature is too high than the demanded temperature, should I<br>
> make the smaller random again?<br>
> For example, if the temperature is ~1000K after NVE, but the demanded<br>
> is 300K, should I make the random process again using smaller amprp(1~3)?<br>
><br>
> thank you<br>
><br>
> vega<br>
<br>
<br>
</div>Correct. In NVE yuo have no option (of course) to set the temperature - you<br>
start froma distorted configuration, and the higher the potential energy<br>
of this inital<br>
configuration, the higher the average kinetic energy (i.e. temperature)<br>
of the<br>
equilibrated system.<br>
<br>
Very much worth experimenting with this, before moving on.<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
             nicola<br>
<br>
<br>
--<br>
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Prof Nicola Marzari   Department of Materials Science and Engineering<br>
13-5066   MIT   77 Massachusetts Avenue   Cambridge MA 02139-4307 USA<br>
tel 617.4522758 fax 2586534 <a href="mailto:marzari@mit.edu">marzari@mit.edu</a> <a href="http://quasiamore.mit.edu" target="_blank">http://quasiamore.mit.edu</a><br>
<br>
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Pw_forum mailing list<br>
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</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>==================================================================================<br>Vega Lew ( weijia liu)<br>Graduate student<br>State Key Laboratory of Materials-oriented Chemical Engineering<br>
College of Chemistry and Chemical Engineering<br>Nanjing University of Technology, 210009, Nanjing, Jiangsu, China<br>******************************************************************************************************************<br>
Email: <a href="mailto:vegalew@gmail.com">vegalew@gmail.com</a><br>Office: Room A705, Technical Innovation Building, Xinmofan Road 5#, Nanjing, Jiangsu, China  <br>****************************************************************************************************************** <br>