Dear friend,<br><br>thank you for your help. your answer is quite useful for us.<br><br>>I am not aware of any tool in the distribution that can do overlap<br>
>populations.<br><br>as far as I know, this function could be accomplished during Mulliken bond population analysis in CASTEP.<br>I used to think this kind of analysis could help us to understand our promble. <br><br>
>Perhaps, instead of overlap population, you may plot the atomic<br>
>projected-densities of states (using projwfc.x), and you can look how<br>
>good is the PDOS "alignment" between the atoms in question ...<br>
>Or you may plot the 2D contour plot of either charge density difference<br>
>or integrated local density of states along the bond direction.<br><br>could you give me some more information about plotting the charge density difference map.<br>which command in QE should be used for that plotting? And I also found 2D contour is a little <br>
hard for our problem, because our model is a slab geometry, and the atoms on the surface goes<br>ups and downs. Thus, we can't  put all the atoms we are focus on in one 2D map.<br><br>could you please tell me more about how to integrated lDoS along the bond direction? Do you mean<br>
I could plot the pDoS for certain atoms, and then integrate it to the HOMO?<br><br>thank you again for your kind help<br><br>best wishes,<br><br>vega<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 14, 2009 at 6:15 PM, Tone Kokalj <span dir="ltr"><<a href="mailto:tone.kokalj@ijs.si">tone.kokalj@ijs.si</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">On Sat, 2009-04-11 at 15:15 +0800, vega lew wrote:<br>
> Dear all<br>
><br>
> I just ploted the 3D charge density using pp.x code.  And XCRYSDEN was<br>
> used for displaying the 3D isosurface of charge density. When I set<br>
> the isovalue for different number, such as 0.15 or less, I fould the<br>
> overlap of electron cloud is quite meanful for different systems of<br>
> distinct catalysis activities. I wonder what the unit of charge<br>
> density?<br>
<br>
</div>xcrysden does not assume any units, and merely takes the values as<br>
stated in the file. The unit is therefore up to the creator of the XSF<br>
file.<br>
<br>
If the XSF file was produced by pp.x, then the unit of charge is<br>
electron/bohr^3.<br>
<div class="im"><br>
<br>
> and whether the absolute value of it could be directly comparable for<br>
> different systems ( same number of atoms, same element, only different<br>
> in geometry of the model)?<br>
<br>
</div>Yes, because the unit is electron/bohr^3 (for pp.x).<br>
<div class="im"><br>
> By the way, is there a tutorial for population analysis? I wonder<br>
> where I could find the value of overap population for a pair of<br>
> atoms.<br>
<br>
</div>The PWscf uses Lowdin population analysis that can be performed by<br>
projwfc.x. Note however the ingredients are lowdin oribtals, which are<br>
orthonormal, i.e.:<br>
<br>
LowdinOrb_\mu = \sum_\nu S_{\mu,\nu}^{1/2} AO_\nu,<br>
<br>
where S_{\mu,\nu}^{1/2} is the element of the square root inverse of the<br>
overlap matrix S of the atomic orbitals AO. Because lowdin orbitals are<br>
orthogonal there is no overlap between them ==> no overlap population!<br>
<br>
I am not aware of any tool in the distribution that can do overlap<br>
populations.<br>
<br>
Perhaps, instead of overlap population, you may plot the atomic<br>
projected-densities of states (using projwfc.x), and you can look how<br>
good is the PDOS "alignment" between the atoms in question ...<br>
Or you may plot the 2D contour plot of either charge density difference<br>
or integrated local density of states along the bond direction.<br>
<br>
Regards, Tone<br>
<br>
--<br>
Anton Kokalj<br>
J. Stefan Institute, Jamova 39, 1000 Ljubljana, Slovenia<br>
(tel: +386-1-477-3523 // fax:+386-1-477-3822)<br>
<br>
Please, if possible, avoid sending me Word or PowerPoint attachments.<br>
See:  <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.html</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
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</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>==================================================================================<br>Vega Lew ( weijia liu)<br>PH.D Candidate in Chemical Engineering<br>State Key Laboratory of Materials-oriented Chemical Engineering<br>
College of Chemistry and Chemical Engineering<br>Nanjing University of Technology, 210009, Nanjing, Jiangsu, China<br>******************************************************************************************************************<br>
Email: <a href="mailto:vegalew@gmail.com">vegalew@gmail.com</a><br>Office: Room A705, Technical Innovation Building, Xinmofan Road 5#, Nanjing, Jiangsu, China  <br>****************************************************************************************************************** <br>