Dear sir,<br><br>>>was this person by any chance an organic chemist??<br><br>to some extent.<br><br>>>this is what the gods of quantum chemistry created the population<br>
>>analysis for. after you project on atomic (pseudo) wavefunctions you<br>
>>can determine the amount of s-,p-,d-character of your individual states.<br>
>>this is not without problems, though. the partitioning is somewhat<br>
>>arbitrary and the projection from plane waves to atomic orbitals is<br>
>>not complete, i.e. you are missing out on some contributions that do<br>
>>not fit into the atomic orbital basis you provide.<br><br>Do you mean the projwfc.x could help me quite a lot? If so, i would be very happy.<br>I just identify a kind of structural feature for certain atomic arrangement. if the atom <br>
near the surface arrange that way, dissociative adsorption of water could be favourable.<br>But I can't tell why that rules is correct? so I tried to explain something at electronic<br>scale. Do you think I could explain this just by plotting some DoS/pDoS for certain atoms?<br>
Is there a systemic tutorial or text book for it?<br><br>By the way, I'm considering intel Quadcore XEON 5500 series CPU and corresponding dual socket motherboard.<br>the memory bandwith could be tripled as I7 series. May I have your opinion about QE performance on 5500 series<br>
servers? Do you think it is really a sensible decision to spend ~$20,000 for four XEON 5500 servers. <br><br>thank you for your time <br><br>vega<br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Apr 5, 2009 at 10:17 PM, Axel Kohlmeyer <span dir="ltr"><<a href="mailto:akohlmey@cmm.chem.upenn.edu">akohlmey@cmm.chem.upenn.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">On Sun, 2009-04-05 at 19:06 +0800, vega lew wrote:<br>
> Dear all,<br>
><br>
> I'm studying the water splitting behavior on certain surfaces. And I<br>
> have identified a special structural features of the surface for water<br>
> dissociation.<br>
> But I can't tell why that kind of feature did a positive effect on<br>
> water dissociation. One visitor to our group thought this behavior has<br>
> a strong dependence of molecular hybrid orbitals of atoms near the<br>
<br>
</div>was this person by any chance an organic chemist??<br>
<div class="im"><br>
>  surface. From a Structural Chemistry viewpoint, certain atomic<br>
> structure could result in different hybrid styles of molecular<br>
> orbitals. The feature I identified may have a favorable shape of<br>
> hybrid orbitals for water approaching and dissociating.<br>
<br>
</div><climbing on soapbox><br>
<br>
you have to forget about the nice orbital pictures that you see in<br>
chemistry text books. they are a visual crutch to break a problem<br>
where everything interacts with everything into individual additive<br>
components. it still works surprisingly well, but only after the fact,<br>
i.e. you can rationalize findings that you got elsewhere in a simplified<br>
form.<br>
<br>
</descending from soapbox><br>
<div class="im"><br>
><br>
> I wonder whether QE has a function for ploting the shape of hybrid<br>
> molecular orbitals near the surface.<br>
<br>
</div>this is what the gods of quantum chemistry created the population<br>
analysis for. after you project on atomic (pseudo) wavefunctions you<br>
can determine the amount of s-,p-,d-character of your individual states.<br>
this is not without problems, though. the partitioning is somewhat<br>
arbitrary and the projection from plane waves to atomic orbitals is<br>
not complete, i.e. you are missing out on some contributions that do<br>
not fit into the atomic orbital basis you provide.<br>
<br>
cheers,<br>
   axel.<br>
<div class="im"><br>
><br>
> thank you for reading<br>
><br>
> best,<br>
><br>
> vega<br>
><br>
> --<br>
> ==================================================================================<br>
> Vega Lew ( weijia liu)<br>
> PH.D Candidate in Chemical Engineering<br>
> State Key Laboratory of Materials-oriented Chemical Engineering<br>
> College of Chemistry and Chemical Engineering<br>
> Nanjing University of Technology, 210009, Nanjing, Jiangsu, China<br>
> ******************************************************************************************************************<br>
> Email: <a href="mailto:vegalew@gmail.com">vegalew@gmail.com</a><br>
> Office: Room A705, Technical Innovation Building, Xinmofan Road 5#,<br>
> Nanjing, Jiangsu, China<br>
> ******************************************************************************************************************<br>
</div>> _______________________________________________<br>
> Pw_forum mailing list<br>
> <a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
> <a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
<br>
--<br>
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Axel Kohlmeyer   <a href="mailto:akohlmey@cmm.chem.upenn.edu">akohlmey@cmm.chem.upenn.edu</a>   <a href="http://www.cmm.upenn.edu" target="_blank">http://www.cmm.upenn.edu</a><br>
   Center for Molecular Modeling   --   University of Pennsylvania<br>
Department of Chemistry, 231 S.34th Street, Philadelphia, PA 19104-6323<br>
tel: 1-215-898-1582,  fax: 1-215-573-6233,  office-tel: 1-215-898-5425<br>
=======================================================================<br>
If you make something idiot-proof, the universe creates a better idiot.<br>
<br>
_______________________________________________<br>
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</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>==================================================================================<br>Vega Lew ( weijia liu)<br>PH.D Candidate in Chemical Engineering<br>State Key Laboratory of Materials-oriented Chemical Engineering<br>
College of Chemistry and Chemical Engineering<br>Nanjing University of Technology, 210009, Nanjing, Jiangsu, China<br>******************************************************************************************************************<br>
Email: <a href="mailto:vegalew@gmail.com">vegalew@gmail.com</a><br>Office: Room A705, Technical Innovation Building, Xinmofan Road 5#, Nanjing, Jiangsu, China  <br>****************************************************************************************************************** <br>