On Tue, Jan 6, 2009 at 5:53 AM, Paolo Giannozzi <span dir="ltr"><<a href="mailto:giannozz@democritos.it" target="_blank">giannozz@democritos.it</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<div><br>
On Jan 5, 2009, at 23:50 , pushpa raghani wrote:<br>
<br>
> I am doing slab relaxation (surface) calculations on IBM bluegene<br>
> machine.<br>
> For certain cell sizes, the calculations go very fine but for some<br>
> others, it<br>
> stops after doing  the first scf run and then calculating forces<br>
> and the new<br>
> atomic positions, ie, it stops while 'Writing output data file<br>
> pwscf.save'. The<br>
> status shows that the calculation is running but it doesn't do<br>
> anything. Could<br>
> somebody tell me why does it this happen and how can it be fixed?<br>
<br>
</div>short answer: no, nobody can. You have to discover what happens exactly<br>
and under which circumstances: if this is blue-gene specific or not,</blockquote><div><br>It is bluegene specific. If I do the same calculation on another cluster, it works fine but it has lesser number of processors, so the calculation is very slow. <br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
if it is<br>
reproducible or erratic, </blockquote><div><br>It is reproducible, I tried to change the number of processors, change the symmetries of the system (which anyway I had to do).  <br>Some more info: I am doing calculations on FCC(100) surface with Hubbard U. When I use c(2x3) cell (with U and/or without U), everything goes fine. When I use c(2x4) cell without U (just spin polarized calculation), then also there is no such problem, it writes all the data in the directory (pwscf.save) and finishes smoothly.  The problem arises when I do LDA+U for c(2x4) cell. Then for some reason it stops (not really stops) while writing pwscf.save!<br>
<br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">what happens if you change options (try to keep<br>
data into memory instead of saving them to file), etc. etc.. </blockquote><div><br>This could work but how to do that? Should I comment out the line in the program  where it writes the data to pwscf.save or there is some simple switch to do that?<br>
<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">It looks<br>
to me<br>
like a problem in the file system, or in its usage, rather than in<br>
quantum<br>
espresso itself.</blockquote><div><br>As I said, it all works fine for other cell sizes and also without U. Then it doesn't seem to be the problem with file system?<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<div><br>
> I am using 3.2.3 version.<br>
<br>
</div>you should use more recent versions. They better support bluegene<br>
machines<br>
and have a better scalability. Not sure this will do anything to fix<br>
your problem,<br>
though</blockquote><div><br>I will also try with the new version.<br><br>Many Thanks,<br>Pushpa<br>Stanford Universiy<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
</blockquote></div><br>