Hi, <br>QE package performs calculation with periodic cell.<br>if you want to do non-periodic calculations , you should <br>set up supercell with  large vacuum seperations between <br>the periodic images.<br><br>With respect to  carbon nanotubes, <br>
you can define ibrav to 6 with certain values for celldm(1) and celldm(3), such as celldm(1)=47.243171944358878, celldm(3) =0.1704 for zigzag nanotube.  If you want to simulate finite  carbon nanotubes,  what you need  is to define some value along <span>longitudinal direction.</span> <br>
<br>Regards,<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Dec 12, 2008 at 3:50 PM, Reza Kalantari <span dir="ltr"><<a href="mailto:rezakalantarinezhad@gmail.com">rezakalantarinezhad@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear 
Paolo Giannozzi<br><br>Thank you so much for your attention. I have seen Marzari's group simulations on carbon nanotube which were done with Quantum-Espresso but all examples of Quantum-Espresso on its official website are for periodic mater so I don't have a sample input file for a non-periodic simulation. <br>

Where can I find an input sample file (pw.x input file) for a non-periodic simulation?<br>How should I define <a>ibrav</a> | <a>celldm</a> | <a>assume_isolated?</a><br>
Should I define <a>CELL_PARAMETERS</a> ?<br>I try to calculate electronic structure of a carbon nanotube when another biomolecule dock with it. have seen ever such as this by Quantum-Espresso? I want to know that it's a conceptual barrier to this purpose  with Quantum-Espresso? <br>

Thank you very much again for you attention. I have started working on this subject recently so maybe my questions are rudimentary so sorry.<div class="Ih2E3d"><br><br>Reza Kalantari-Nezhad<br>PhD Student<br></div><div class="Ih2E3d">
Amir Kabir University of Technology<br>
</div><a href="mailto:rezakalantarinezhad@gmail.com" target="_blank">rezakalantarinezhad@gmail.com</a><br><a href="mailto:rkalantari@aut.ac.ir" target="_blank">rkalantari@aut.ac.ir</a><div><div></div><div class="Wj3C7c">
<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Dec 11, 2008 at 4:34 PM, Paolo Giannozzi <span dir="ltr"><<a href="mailto:giannozz@democritos.it" target="_blank">giannozz@democritos.it</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div>On Dec 11, 2008, at 7:29 , Reza Kalantari wrote:<br>
> I know that I should use supercell for this purpose but I don't<br>
> know how can I do it?<br>
><br>
</div>there is no conceptual difference between a so-called "supercell" and<br>
a crystal cell.<br>
<div>> Have you seen ever such as this simulation by Quantum-Espresso?<br>
><br>
</div>like this? <a href="http://web.mit.edu/newsoffice/2006/nanotubes.html" target="_blank">http://web.mit.edu/newsoffice/2006/nanotubes.html</a><br>
<br>
P.<br>
---<br>
Paolo Giannozzi, Democritos and University of Udine, Italy<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" target="_blank">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br></div></div><font color="#888888">-- <br>Eradatmand</font><div class="Ih2E3d"><br>Reza Kalantari Nezhad<br>PhD Student <br>Mechanical Engineering<br>Amir Kabir University of Technology (Tehran Polytechnic)<br>
Tehran<br>Iran<br><br><br></div><div><div></div><div class="Wj3C7c">Mobile Phone: 0098-935-2578543<br>
<br>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
Pw_forum mailing list<br>
<a href="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</a><br>
<a href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum" target="_blank">http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Hai-Ping Lan <br>Department of Electronics ,<br>Peking University , Bejing, 100871<br><a href="mailto:lanhaiping@gmail.com">lanhaiping@gmail.com</a>, <a href="mailto:hplan@pku.edu.cn">hplan@pku.edu.cn</a><br>