<div>Hello,</div>
<div> </div>
<div>I am new to Quantume Espresso and hope I can integrate it into my distributed computing project as I decribe in this post <a href="http://www.hydrogenathome.org/forum_thread.php?id=173">http://www.hydrogenathome.org/forum_thread.php?id=173
</a></div>
<div>As I am formulating my analytical methods, there may be flaws in what I am proposing. I hope to use Climbing-Image Nudged Elastic Band method to identify a transition state structure. Then use that transition state structure in a molecular docking simulation. I then run these simulations on metalic enzymes in hopes of identifing optimal enzymes for water spliting hydrogen generating reactions. Of course before I get that far I will run positve/negative controls to QC my methods. Having resource sharing among volunteers through Berkley's BOINC platform is really benefitial otherwise I would not have the ability to do this kind of analysis on this scale.
</div>
<div> </div>
<div>Anyway, my questions right now:</div>
<div>1) What output formats does QE support? I'm trying to get the command line for open babel to convert xyz to other molecular formats and it is giving me a hard time but if QE can output to PDB or MOL2 or other molecular file format, I would really like to know how.
</div>
<div> </div>
<div>2) Are there command line tools that generate parameters for these simulations like Exampl17? Where do I find them? I want to be able to just supply a structure representing the substrate and another representing the product of my reaction. I want to make these parameters interchangeable because I am testing controls first. So I would be able to test H2O2 binding to Catalase for instance.
</div>
<div> </div>
<div>3) Finally, I don't know how to pose this question, perhaps I need read more, how does one integrate DFT+U into models of reaction pathways?</div>
<div> </div>
<div>Thank you in advance for any assistance.</div>
<div> </div>
<div>Jack Shultz</div>
<div>Project Leader <a href="http://hydrogenathome.org/">http://hydrogenathome.org</a></div>
<div> </div>