<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">Dear all </DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">thank hande for your answer.</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">the pw run for celldm(1)=17 is done of course with this message: davidson diagnolization with overlap in the output. but for the upper celldms the run stops. </DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">there is no overlap in xcrysden visualization.<BR><BR></DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">----- Original Message ----<BR>From: Hande Ustunel <hande@newton.physics.metu.edu.tr><BR>To: PWSCF Forum <pw_forum@pwscf.org><BR>Sent: Sunday, December 9, 2007 7:13:45 PM<BR>Subject: Re: [Pw_forum] erro wrong attomic cordinates for 5-0 nanotub<BR><BR>Dear Meisam,<BR><BR>Your cell is still not periodic and there is still overlap between your<BR>atoms. I believe it would be OK if you just chopped off the atoms forming<BR>the leftmost ring of your nanotube. This would amount to just getting rid<BR>of the last five atoms while keeping everything the same. Please invest<BR>some time in visualizing your structure with xcrysden and paying attention<BR>to its error messages.<BR><BR>Best of luck, <BR>Hande<BR><BR>On Sun, 9 Dec 2007, meisam aghtar wrote:<BR><BR>> Dear all<BR>> during optimizing the a lattice in a zigzag nanotube there was a problem , the run for
 celldm(1) is done but for the upper cell dimensions it stops and the error is : wrong atomic cordinates. of cours in the output file of the former is written : davidson diagnolization with overlap . I don't know if it makes problem.<BR>> input:<BR>> &CONTROL<BR>>                  calculation = 'scf' ,<BR>>                restart_mode = 'restart' ,<BR>>                      outdir = '/home/meisam/projhe/5-0/band/scratch/' ,<BR>>                  pseudo_dir = '/home/meisam/espresso-3.1.1/pseudo/' ,<BR>>                      prefix = 'cnt18-scf' ,<BR>>  /<BR>>  &SYSTEM<BR>>                        ibrav =
 4,<BR>>                    celldm(1) = 18,<BR>>                    celldm(3) = 0.447232826,<BR>>                          nat = 25,<BR>>                        ntyp = 1,<BR>>                      ecutwfc = 30 ,<BR>>  /<BR>>  &ELECTRONS<BR>>  /<BR>> ATOMIC_SPECIES<BR>>    C  12.00000  C.pz-vbc.UPF<BR>> ATOMIC_POSITIONS angstrom<BR>>    C      1.958200000    0.000000000  -1.420000000<BR>>    C      0.605100000    1.862300000  -1.420000000<BR>>    C    -1.584200000    1.151000000 
 -1.420000000                                                  <BR>>    C    -1.584200000  -1.151000000  -1.420000000<BR>>    C      0.605100000  -1.862300000  -1.420000000<BR>>    C      1.584200000    1.151000000  -0.710000000<BR>>    C    -0.605100000    1.862300000  -0.710000000<BR>>    C    -1.958200000    0.000000000  -0.710000000<BR>>    C    -0.605100000  -1.862300000  -0.710000000<BR>>    C      1.584200000  -1.151000000  -0.710000000<BR>>    C      1.584200000    1.151000000    0.710000000<BR>>    C 
   -0.605100000    1.862300000    0.710000000<BR>>    C    -1.958200000    0.000000000    0.710000000<BR>>    C    -0.605100000  -1.862300000    0.710000000<BR>>    C      1.584200000  -1.151000000    0.710000000<BR>>    C      1.958200000    0.000000000    1.420000000<BR>>    C      0.605100000    1.862300000    1.420000000<BR>>    C    -1.584200000    1.151000000    1.420000000<BR>>    C    -1.584200000  -1.151000000    1.420000000<BR>>    C      0.605100000  -1.862300000    1.420000000<BR>>    C      1.958200000    0.000000000   
 2.840000000<BR>>    C      0.605100000    1.862300000    2.840000000<BR>>    C    -1.584200000    1.151000000    2.840000000<BR>>    C    -1.584200000  -1.151000000    2.840000000<BR>>    C      0.605100000  -1.862300000    2.840000000<BR>> K_POINTS automatic<BR>>  1 1 14  1 1 1<BR>> <BR>> <BR>>      ____________________________________________________________________________________<BR>> Be a better friend, newshound, and <BR>> know-it-all with Yahoo! Mobile.  Try it now.   <A href="http://mobile.yahoo.com/;_ylt=Ahu06i62sR8HDtDypao8Wcj9tAcJ" target=_blank>http://mobile.yahoo.com/;_ylt=Ahu06i62sR8HDtDypao8Wcj9tAcJ</A> <BR>> <BR><BR>-- <BR>Hande Ustunel<BR>Department of Physics<BR>Office 439<BR>Middle East Technical
 University<BR>Ankara 06531, Turkey<BR>Tel : +90 312 210 3264<BR><A href="http://www.physics.metu.edu.tr/~hande" target=_blank>http://www.physics.metu.edu.tr/~hande</A><BR><BR>_______________________________________________<BR>Pw_forum mailing list<BR><A href="mailto:Pw_forum@pwscf.org" ymailto="mailto:Pw_forum@pwscf.org">Pw_forum@pwscf.org</A><BR><A href="http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum" target=_blank>http://www.democritos.it/mailman/listinfo/pw_forum</A><BR></DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif"><BR></DIV></div><br>
      <hr size=1>Looking for last minute shopping deals? <a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=51734/*http://tools.search.yahoo.com/newsearch/category.php?category=shopping"> 
Find them fast with Yahoo! Search.</a></body></html>