<div>Dear colleage,</div>
<div> </div>
<div>sorry for my carelessness.</div>
<div> </div>
<div>M>Dear Bo Peng,<br><br>M>doing a quick google dig about the problem, I come up with<br>M><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.myri.com/serve/cache/236.html" target="_blank">
http://www.myri.com/serve/cache/236.html</a><br>Thank you for your linking.</div>
<div> </div>
<div>M>that is, your secondary script for generating a dynamic port number<br>M>used in mpi intercommunication is not working. This is most probably an<br>M>installation issue<br>M>regarding LSF, or do you have to call such a script yourself in the
<br>M>submit batch file?<br>yes, the cluster do not support the interactive submit.</div>
<div><br>M>in the second case, are you sure you are using myrinet version of the<br>M>mpi?</div>
<div>yes.</div>
<div> </div>
<div>M>(I suppose you are on myrinet, as the first error suggests) And</div>
<div>M>besides that, it always is a very bad idea to try to bypass tight<br>M>integration of grid engines, often admins try to terminate runaway jobs<br>M>in nodes automatically. Also I am not sure you are bypassing it
<br>M>correctly in that script, are you calling mpirun two times?<br>In the sencondary file, it is really bad to do so as you said, so I created the </div>
<div>third file to submit my jobs. The errors related to the third file, </div>
<div>"1 - MPI_COMM_RANK : Null communicator<br> [1]  Aborting program !<br> [1] Aborting program!<br> 0 - MPI_COMM_RANK : Null communicator<br> [0]  Aborting program !<br> [0] Aborting program!"</div>
<div>may be the real case.<br><br>M>I think, this problem is not related by espresso, rather it is a LSF<br>M>issue on your site.<br>I agree with you.</div>
<div><br>M>If you are looking for an alternative, may I suggest sun grid engine?<br>Thank you for your suggenstion.</div>
<div><br>M>good day,<br>M>Osman Baris Malcioglu<br>M>METU Physics<br>M>Ankara<br> </div>
<div>Regards,</div>
<div> </div>
<div>Bo Peng</div>
<div> </div>
<div>BTW: It is my pleasure to join the community. :)</div>
<div> </div>
<div>+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>Bo Peng, Ph.D Candidate, Department of Chemistry, Nankai University, </div>
<div>TianJin, P.R.China</div>
<div>phone: (86)022-23506808 </div>
<div>email: <a href="mailto:bopengchemist@gmail.com">bopengchemist@gmail.com</a></div>
<div><br> </div>
<div> </div>