<meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"><title></title><meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 1.1.4  (Linux)"><meta name="CREATED" content="20050915;22462300"><meta name="CHANGED" content="20050915;22505800">

        
        
        
        
        <style>
        <!--
                @page { size: 21cm 29.7cm; margin: 2cm }
                PRE { font-family: "Courier New", monospace; font-size: 10pt }
                P { margin-bottom: 0.21cm }
        -->
        </style>

<p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Times New Roman, serif">Dear
all, </font>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">    <font face="Times New Roman, serif">The
following are the input files in my calculations.</font></p>

<p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Times New Roman, serif">Thanks
a lot!</font></p>

<p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Times New Roman, serif">Sincerely,</font></p>

<p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Times New Roman, serif">Yi
Kong</font></p>


<p style="margin-bottom: 0cm;"><font face="Times New Roman, serif"><br>
****************
to get the dynamical matrix *************</font></p>
<pre># how to run execubles
PW_COMMAND="mpirun -np 8 $BIN_DIR/pw.x -npool 4"
PH_COMMAND="mpirun -np 8 $BIN_DIR/ph.x -npool 4"
$ECHO
$ECHO "  running pw.x as:     $PW_COMMAND"
$ECHO "  running ph.x as:     $PH_COMMAND"
$ECHO
 
# clean TMP_DIR
$ECHO "  cleaning $TMP_DIR...\c"
rm -rf $TMP_DIR/*
$ECHO " done"

# self-consistent calculation
cat > <a href="http://PdRu3.scf.in">PdRu3.scf.in</a> << EOF
 &control
    calculation='scf'
    restart_mode='from_scratch',
    tprnfor= .true.
    prefix='PdRu3',
    pseudo_dir = '$PSEUDO_DIR/',
    outdir='$TMP_DIR/'
 /
 &system    
    ibrav=  4, celldm(1) = 10.44, celldm(3)= 0.793 , nat=  8, ntyp= 2,
    ecutwfc =30.0, ecutrho = 300.0,
    occupations='smearing',degauss=0.02,
    smearing='marzari-vanderbilt'
 /
 &electrons
    conv_thr =  1.0d-8
    mixing_beta = 0.3
    mixing_mode = 'plain'
    diagonalization='david'
    mixing_ndim=8
 /
ATOMIC_SPECIES
 Ru 101.07 Ru.pbe-n-van.UPF
 Pd 106.4  Pd.pbe-nd-rrkjus.UPF
ATOMIC_POSITIONS (crystal)
 Ru 0.50       0.0       0.00 0 0 0 
 Ru 0.50       0.50      0.00 0 0 0 
 Ru 0.00       0.50      0.00 0 0 0
 Ru 0.333333   0.1666667 0.50 0 0 0 
 Ru 0.833333   0.1666667 0.50 0 0 0 
 Ru 0.833333   0.6666667 0.50 0 0 0
 Pd 0.00       0.00      0.00 0 0 0
 Pd 0.333333   0.6666667 0.50 0 0 0
K_POINTS AUTOMATIC
 8 8 8 0 0 0 
EOF
$ECHO "  running the scf calculation...\c"
$PW_COMMAND < <a href="http://PdRu3.scf.in">PdRu3.scf.in</a> > PdRu3.scf.out
$ECHO " done"

# phonons
cat > <a href="http://PdRu3.phG.in">PdRu3.phG.in</a> << EOF
phonons of PdRu3 at Gamma
 &inputph
  tr2_ph=1.0d-12,
  prefix='PdRu3',
  amass(2)=106.4,
  amass(1)=101.07,
  outdir='$TMP_DIR/',
  fildyn='PdRu3.dynG',
 /
0.0 0.0 0.0
EOF
$ECHO "  running the phonon calculation at Gamma...\c"
$PH_COMMAND < <a href="http://PdRu3.phG.in">PdRu3.phG.in</a> > PdRu3.phG.out
$ECHO " done"

# These are k-points of a (444) uniform grid in the irreducible
# Brillouin Zone of the bcc lattice (Gamma is treated separately)
/bin/rm PdRu3.nscf.out PdRu3.ph.out

qpoints="0.0000000,0.0000000,0.3152585\
         0.0000000,0.0000000,-0.6305170\
         0.0000000,0.2886751,0.0000000\
         0.0000000,0.2886751,0.3152585\
         0.0000000,0.2886751,-0.6305170\
         0.0000000,-0.5773503,0.0000000\
         0.0000000,-0.5773503,0.3152585\
         0.0000000,-0.5773503,-0.6305170\
         0.2500000,0.4330127,0.0000000\
         0.2500000,0.4330127,0.3152585\
         0.2500000,0.4330127,-0.6305170"

for qpoint in $qpoints ; do


# non self-consistent calculation 
qx=`$ECHO $qpoint | cut -d, -f1`
qy=`$ECHO $qpoint | cut -d, -f2`
qz=`$ECHO $qpoint | cut -d, -f3`
cat > <a href="http://PdRu3.nscf.in">PdRu3.nscf.in</a> << EOF
 &control
    calculation='phonon'
    restart_mode='from_scratch',
    prefix='PdRu3',
    pseudo_dir = '$PSEUDO_DIR/',
    outdir='$TMP_DIR/'
 /
 &system    
    ibrav=  4, celldm(1) = 10.44, celldm(3)= 0.793 , nat=  8, ntyp= 2,
    ecutwfc =30.0, ecutrho = 300.0,
    occupations='smearing',degauss=0.02,
    smearing='marzari-vanderbilt'
 /
 &electrons
    conv_thr =  1.0d-8
    mixing_beta = 0.3
    mixing_mode = 'plain'
    diagonalization='david'
    mixing_ndim=8
 /
 &phonon
    xqq(1) = $qx, xqq(2) = $qy, xqq(3) = $qz
 /
ATOMIC_SPECIES
 Ru 101.07 Ru.pbe-n-van.UPF
 Pd 106.4  Pd.pbe-nd-rrkjus.UPF
ATOMIC_POSITIONS (crystal)
 Ru 0.50       0.0       0.00 0 0 0 
 Ru 0.50       0.50      0.00 0 0 0 
 Ru 0.00       0.50      0.00 0 0 0
 Ru 0.333333   0.1666667 0.50 0 0 0 
 Ru 0.833333   0.1666667 0.50 0 0 0 
 Ru 0.833333   0.6666667 0.50 0 0 0
 Pd 0.00       0.00      0.00 0 0 0
 Pd 0.333333   0.6666667 0.50 0 0 0
K_POINTS AUTOMATIC
 8 8 8 0 0 0
EOF

$ECHO "  running the nscf calculation at q=$qpoint...\c"
$PW_COMMAND < <a href="http://PdRu3.nscf.in">PdRu3.nscf.in</a> >> PdRu3.nscf.out
$ECHO " done"

# phonon calculation
cat > <a href="http://PdRu3.ph.in">PdRu3.ph.in</a> << EOF
phonons of PdRu3 at $qpoint
 &inputph
  tr2_ph=1.0d-12,
  prefix='PdRu3',
  amass(2)=106.4,
  amass(1)=101.07,
  outdir='$TMP_DIR/',
  fildyn='dyn.$qpoint'
  alpha_mix(1)=0.3
 /
$qpoint
EOF
$ECHO "  running the phonon calculation at q=$qpoint...\c"
$PH_COMMAND < <a href="http://PdRu3.ph.in">PdRu3.ph.in</a> >> PdRu3.ph.out
$ECHO " done"

done


$ECHO
$ECHO "$CURRENT_DIR: done"

******************** to get the force constants ********
# how to run execubles
Q2R_COMMAND="mpirun -np 8 $BIN_DIR/q2r.x "
$ECHO
$ECHO "  running q2r.x as:    $Q2R_COMMAND" 
$ECHO
 
cat > <a href="http://q2r.in">q2r.in</a> << EOF
&input
  nr1=4, nr2=4, nr3=4, fild='pd3ru444.fc'
/
12 
pd3ru.dynG
dyn.0.0000000,0.0000000,0.3152585
dyn.0.0000000,0.0000000,-0.6305170
dyn.0.0000000,0.2886751,0.0000000
dyn.0.0000000,0.2886751,0.3152585
dyn.0.0000000,0.2886751,-0.6305170
dyn.0.0000000,-0.5773503,0.0000000
dyn.0.0000000,-0.5773503,0.3152585
dyn.0.0000000,-0.5773503,-0.6305170
dyn.0.2500000,0.4330127,0.0000000
dyn.0.2500000,0.4330127,0.3152585
dyn.0.2500000,0.4330127,-0.6305170
EOF

$ECHO "transforming C(q)=>C(R)...\c"
$Q2R_COMMAND < <a href="http://q2r.in">q2r.in</a> > q2r.out
$ECHO "done"

$ECHO
$ECHO "$CURRENT_DIR: done"

***************** to get the phonon DOS *********
# how to run execubles
MATDYN_COMMAND="$PARA_PREFIX $BIN_DIR/matdyn.x $PARA_POSTFIX"
$ECHO
$ECHO "  running matdyn.x as: $MATDYN_COMMAND"
$ECHO
cat ><a href="http://phdos.in">phdos.in</a> <<EOF
&input
  asr=.true., dos =.true., amass(2)=106.4,amass(1)=101.07,
  flfrc='Pd3Ru444.fc',fldos='Pd3Ru.phdos',nk1=20,nk2=20,nk3=20
/
EOF

$ECHO " calculating phonon DOS...\c"
$MATDYN_COMMAND < <a href="http://phdos.in">phdos.in</a> > phdos.out
$ECHO " done "

$ECHO
$ECHO "$CURRENT_DIR: done"</pre>
<br clear="all"><br>-- <br>=============================<br>Yi Kong<br>Department of MSE<br>Tsinghua University<br>PR China, 100084<br>=============================