<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1106" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>
<DIV lang=en 
style="PADDING-RIGHT: 10px; PADDING-LEFT: 10px; PADDING-BOTTOM: 10px; PADDING-TOP: 10px"><FONT 
size=4>Please, I am trying to calculate an adenine molecule (C5H5N5). I do not 
obtain to get resulted. Input could verify this. Thaks.</FONT></DIV>
<DIV lang=en 
style="PADDING-RIGHT: 10px; PADDING-LEFT: 10px; PADDING-BOTTOM: 10px; PADDING-TOP: 10px"> </DIV>
<DIV lang=en 
style="PADDING-RIGHT: 10px; PADDING-LEFT: 10px; PADDING-BOTTOM: 10px; PADDING-TOP: 10px"><FONT 
size=4>Wyllian</FONT></DIV>
<DIV lang=en 
style="PADDING-RIGHT: 10px; PADDING-LEFT: 10px; PADDING-BOTTOM: 10px; PADDING-TOP: 10px"><FONT 
size=4><A 
href="http://www.biophysics.hpg.com.br">http://www.biophysics.hpg.com.br</A> 
</FONT> </DIV></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff 
size=2>#/bin/sh<BR>####################################################################<BR>#<BR># 
set the needed environment variables<BR>#<BR>. 
../../../environment_variables<BR>#<BR># check whether echo needs the -e 
option<BR>if [ "`echo -e`" = "-e" ]; then<BR>   
echo='echo'<BR>else<BR>   echo='echo -e'<BR>fi<BR>#<BR>$echo ' ' 
<BR>$echo ' running '$0':'<BR>$echo ' pw.x to compute the equilibrium'<BR>$echo 
' geometry of a molecule, C5H5N5 - Adenina. '<BR>$echo ' ' <BR>#<BR># check that 
needed directories and files exist<BR>#<BR>$echo ' PW_ROOT    
is  defined as '$PW_ROOT' '<BR>$echo ' PSEUDO_DIR is  defined as 
'$PSEUDO_DIR' '<BR>$echo ' TMP_DIR    is  defined as 
'$TMP_DIR' '<BR>$echo ' '<BR>$echo ' checking that needed directories and files 
exist; \c'<BR>if [ ! -d $PW_ROOT ]; then <BR>   $echo;$echo ' 
STOPPING: directory '$PW_ROOT' does not exist'; exit<BR>else<BR>  if [ ! -f 
$PW_ROOT/main/pw.x ]; then <BR>     echo;echo ' STOPPING: 
executable '$PW_ROOT/main/pw.x' does not exist'; exit<BR>  fi<BR>fi<BR>if [ 
! -d $PSEUDO_DIR ]; then <BR>   $echo;$echo ' STOPPING: directory 
'$PSEUDO_DIR' does not exist'; exit<BR>else<BR>  if [ ! -f 
$PSEUDO_DIR/H.vbc ]; then <BR>      $echo;$echo ' 
STOPPING: pseudop file '$PSEUDO_DIR/H.vbc' does not exist'; <BR>exit<BR>  
fi<BR>  if [ ! -f $PSEUDO_DIR/HUS.RRKJ3 ]; then 
<BR>      $echo;$echo ' STOPPING: pseudop file 
'$PSEUDO_DIR/HUS.RRKJ3' does not exis<BR>t'; exit<BR>  fi<BR>  if [ ! 
-f $PSEUDO_DIR/HUSPBE.RRKJ3 ]; then<BR>      
$echo;$echo ' STOPPING: pseudop file '$PSEUDO_DIR/HUSPBE.RRKJ3' does not 
e<BR>xist'; exit<BR>  fi<BR>  if [ ! -f $PSEUDO_DIR/C.vbc ]; 
then<BR>      $echo;$echo ' STOPPING: pseudop file 
'$PSEUDO_DIR/C.vbc' does not exist'; <BR>exit<BR>  fi<BR>  if [ ! -f 
$PSEUDO_DIR/CUS.RRKJ3 ]; then<BR>      $echo;$echo ' 
STOPPING: pseudop file '$PSEUDO_DIR/C.vbc' does not exist'; <BR>exit<BR>  
fi<BR>  if [ ! -f $PSEUDO_DIR/CUSPBE.RRKJ3 ]; 
then<BR>      $echo;$echo ' STOPPING: pseudop file 
'$PSEUDO_DIR/CUSPBE.RRKJ3' does not e<BR>xist'; exit<BR>  fi<BR>  if [ 
! -f $PSEUDO_DIR/NUSPBE.RRKJ3 ]; then<BR>      
$echo;$echo ' STOPPING: pseudop file '$PSEUDO_DIR/NUSPBE.RRKJ3' does not 
e<BR>xist'; exit<BR>  fi<BR>  if [ ! -f $PSEUDO_DIR/NUS.RRKJ3 ]; 
then<BR>      $echo;$echo ' STOPPING: pseudop file 
'$PSEUDO_DIR/NUS.RRKJ3' does not exis<BR>t'; exit<BR>  fi<BR>fi<BR>if 
[   i! -d $TMP_DIR ]; then <BR>   $echo;$echo ' STOPPING: 
directory '$TMP_DIR' does not exist'; exit<BR>fi</FONT></DIV>
<DIV><FONT color=#0000ff></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial color=#0000ff size=2>$echo ' done'<BR>#<BR># clean 
TMP_DIR<BR>#<BR> $echo ' cleaning '$TMP_DIR' ; \c'<BR>rm -f 
$TMP_DIR/*<BR>$echo ' done'<BR>#<BR># self-consistent calculation<BR>#<BR>cat 
> adenina1.in << EOF<BR>C5H5N5 molecule + 
relax<BR>C5H5N5<BR> &input<BR>    ibrav=0, 
celldm(1)=1.d0, nat=15,ntyp=3,<BR>    pseudop(1) = 
'CUS.RRKJ3',  <BR>    pseudop(2) = 
'HUS.RRKJ3',<BR>    pseudop(3) = 
'NUS.RRKJ3',<BR>    pseudo_dir =  '$PSEUDO_DIR/', 
<BR>    tmp_dir='$TMP_DIR/',<BR>    ecut(1)=24.0, 
dual=6,<BR>    beta(1)=0.3, upscale=10,<BR>    tr2 
= 1.0d-14, iswitch=1,<BR>    niter=100, 
nstep=100,<BR>    
output_pot='c5h5n5pot',<BR> &end<BR>14.0   0.0   
0.0<BR> 0.0  14.0   0.0<BR> 0.0   0.0  
14.0<BR>cubic<BR>-4.279664 -2.380489  0.676900 1<BR> 0.015307 
-2.366316  0.844708 1<BR> 0.010016  0.051590 -0.222799 
1<BR>-2.329655  1.250432 -0.851322 1<BR> 3.897562 -0.881558  
0.346576 1<BR>-6.079629 -3.364659  1.041240 2<BR> 3.257511 
-4.583532  1.953033 2<BR> 5.965679 -8.416466  0.418008 
2<BR>-0.491329  4.467314 -2.209657 2<BR>-3.950852  4.517203 -2.374064 
2<BR> 2.453432  0.933336 -0.511738 3<BR>-2.252932  3.610512 
-1.899176 3<BR> 2.527699 -2.915659  1.188827 3<BR>-2.199264 
-3.629598  1.310904 3<BR>-4.478275 -0.033070 -0.369631 3<BR>'C ' 1 1 
1.0<BR>'H ' 1 2 1.0<BR>'N ' 1 3 1.0  <BR> 0<BR> 1 1 1<BR> 0 
0 0 <BR>EOF<BR>$echo ' running the geometry relaxation for adenina; 
\c'<BR>$PARA_PREFIX $PW_ROOT/main/pw.x $PARA_POSTFIX < adenina1.in > 
adenina1.out<BR>$echo ' Adenina done'<BR></DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV><BR>---<BR>Outgoing mail is certified Virus Free.<BR>Checked by AVG 
anti-virus system (<A 
href="http://www.grisoft.com">http://www.grisoft.com</A>).<BR>Version: 6.0.481 / 
Virus Database: 277 - Release Date: 13/5/2003</FONT></DIV></BODY></HTML>