[Pw_forum] Getting NaN values in QHA calculations

Sanjeev Gupta physics.skgupta at gmail.com
Thu May 30 06:35:58 CEST 2013


Dear Peram,

I am suspecting some imaginary frequencies in .fc file may lead to NaN.
Another issue may be not complied correctly. Did you tried  the reproduce
the result another machine? did you got same error?

Looking to see your mail, it indicate something missing:
mv: cannot stat `Displacements': No such file or directory
equivalent atomic symbols are not found

be sure these things and let me know.

Best
Sanjeev


2013/5/28 Peram sreenivasa reddy <peramsreenivas at gmail.com>

> Dear Users,
>
>                 While i am doing QHA calculations I am not able to get
> mean square displacements and in case.QHA.out file NaN values are coming in
> F_vibration and entropy places. While running it is showing as below..
>
> forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit 5, file stdin
> Image              PC                Routine            Line
> Source
> Mean_square_displ  000000000047D58D  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  000000000047C095  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  0000000000434CF0  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  000000000040537F  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  0000000000404BB2  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  000000000041A24C  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  0000000000401349  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  00000000004011CC  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  0000000000488554  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  00000000004010A1  Unknown               Unknown  Unknown
> mv: cannot stat `Displacements': No such file or directory
> equivalent atomic symbols are not found
> forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit 5, file stdin
> Image              PC                Routine            Line
> Source
> Mean_square_displ  000000000047D58D  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  000000000047C095  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  0000000000434CF0  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  000000000040537F  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  0000000000404BB2  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  000000000041A24C  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  0000000000401349  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  00000000004011CC  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  0000000000488554  Unknown               Unknown  Unknown
> Mean_square_displ  00000000004010A1  Unknown               Unknown  Unknown
> mv: cannot stat `Displacements': No such file or directory
>  ndiv from file ===         343
>  ndiv===         343
>     5.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    10.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    15.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    20.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    25.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    30.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    35.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    40.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    45.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    50.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    55.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    60.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    65.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    70.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    75.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    80.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    85.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    90.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>    95.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   100.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   105.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   110.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   115.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   120.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   125.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   130.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   135.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   140.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   145.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   150.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   155.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   160.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   165.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   170.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   175.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   180.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   185.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   190.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   195.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   200.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   205.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   210.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   215.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   220.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   225.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   230.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   235.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   240.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   245.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   250.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   255.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   260.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   265.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   270.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   275.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   280.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   285.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   290.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   295.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   300.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   305.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   310.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   315.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   320.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   325.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   330.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   335.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   340.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   345.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   350.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   355.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   360.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   365.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   370.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   375.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   380.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   385.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   390.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   395.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   400.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   405.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   410.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   415.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   420.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   425.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   430.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   435.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   440.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   445.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   450.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   455.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   460.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   465.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   470.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   475.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   480.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   485.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   490.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   495.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   500.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   505.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   510.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   515.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   520.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   525.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   530.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   535.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   540.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   545.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   550.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   555.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   560.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   565.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   570.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   575.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   580.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   585.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   590.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   595.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   600.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   605.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   610.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   615.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   620.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   625.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   630.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   635.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   640.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   645.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   650.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   655.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   660.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   665.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   670.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   675.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   680.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   685.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   690.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   695.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   700.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   705.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   710.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   715.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   720.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   725.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   730.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   735.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   740.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   745.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   750.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   755.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   760.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   765.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   770.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   775.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   780.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   785.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   790.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   795.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   800.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   805.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   810.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   815.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   820.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   825.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   830.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   835.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   840.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   845.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   850.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   855.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   860.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   865.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   870.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   875.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   880.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   885.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   890.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   895.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   900.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   905.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   910.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   915.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   920.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   925.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   930.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   935.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   940.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   945.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   950.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   955.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   960.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   965.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   970.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   975.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   980.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   985.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   990.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>   995.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
>  1000.00   12.04392410    0.00783003           NaN           NaN
> Phonon DOS and Quasiharmonic calculations have finished.
> Now you can analyse these data using Gnuplot or xmgrace
> Enjoy!
>  Can any one give solution to my problem...
>
> thank you in advance....
>
> _______________________________________________
> Pw_forum mailing list
> Pw_forum at pwscf.org
> http://pwscf.org/mailman/listinfo/pw_forum
>



-- 
With Best Regards,

------------------------------------
Dr. Sanjeev Kumar Gupta
Fulbright Post-Doctoral Scholar
Dept. of Physics
Michigan Technological University
1400 Townsend Drive, Houghton
MI 49931, USA
------------------------------------
-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.quantum-espresso.org/pipermail/users/attachments/20130529/75d0b2e5/attachment.html>


More information about the users mailing list