<div dir="ltr"><div>In a better design, there would be no need to reorder atoms by type ... ! <br></div><div>I took the liberty to put your remark on GitLab so that it is not forgotten</div><div><br></div><div>Paolo<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Mar 7, 2022 at 4:54 PM Milner, Scott Thomas <<a href="mailto:stm9@psu.edu">stm9@psu.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
<div dir="auto" style="overflow-wrap: break-word;">
<div>The current version of QE, v 7.0, has a problem with the utility cppp.x, namely:  cppp.x outputs atoms sorted by element, whether or not the input to cp.x was given in that order.<br>
<br>
cp.x itself behaves properly with ATOMIC_POSITIONS entered in “molecule order”, i.e., reflecting the connectivity of atoms into successive molecules, as might be supplied by a classical MD simulation platform or molecule-building software.   With such input,
 cp.x writes log entries to stdout that include snapshots of atomic positions in the same order as input.  </div>
<div><br>
</div>
<div>However, it appears that the .pos and .for files saved by cp.x are sorted by atomic number, in the same order as atom types were given in ATOMIC_SPECIES.  As written, cppp.x apparently outputs atoms in this sorted order.  This is really awkward;
 in a better design, cppp.x would output atoms in the same order they were input.</div>
<div><br>
Scott Milner</div>
<div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<div>William H. Joyce Professor<br>
The Pennsylvania State University<br>
Department of Chemical Engineering<br>
204 CBE Building<br>
University Park, PA 16802<br>
(814) 863-9355<br>
<a href="mailto:stm9@psu.edu" target="_blank">stm9@psu.edu</a></div>
</div>
</div>
<br>
</div>
</div>

________________________________________________<br>
The Quantum ESPRESSO community stands by the Ukrainian people<br>
 and expresses its concerns about the devastating effects that<br>
the Russian military offensive has on their country and on the<br>
free and peaceful scientific, cultural, and economic cooperation<br>
amongst peoples.<br>
_______________________________________________<br>
developers mailing list<br>
<a href="mailto:developers@lists.quantum-espresso.org" target="_blank">developers@lists.quantum-espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/developers</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>Univ. Udine, via delle Scienze 206, 33100 Udine, Italy<br>Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br><br></div></div></div></div></div>