<div dir="ltr"><div dir="ltr">I have opened an "issue" on gitlab: <a href="https://gitlab.com/QEF/q-e/issues/58">https://gitlab.com/QEF/q-e/issues/58</a> . Please try to recompile PWCND with bound check on (-CB for intel compiler)<br><br></div><div>Paolo<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 24, 2018 at 9:46 AM, Hamideh Kahnouji <span dir="ltr"><<a href="mailto:hkahnouji8@gmail.com" target="_blank">hkahnouji8@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Dear all,<br>I tried to calculate conduction of  WS2 single layer without and with<br>spin-orbit coupling (SOC) by "pwcond".Calculation without SOC had been done successfully by 32  cores.But for calculation with SOC I  used 16 and  32 cores I saw this error.<br>=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES<br>=   PID 13838 RUNNING AT node588<br>=   EXIT CODE: 9<br>=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES<br>=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES<br><br>I think I need more RAM ,Therefore,  I used  64 and 128 cores, the<br>code will stop at  line<br>" ngper, shell number =          804          82<br>ngper, n2d =          804         391<br>---  E-Ef =    0.0000000  k =    0.5000000   0.5000000<br>---  ie =          1  ik =          1"<br>and showed<br><br>"forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred<br>Image              PC                Routine            Line<br>Source<br><br>pwcond.x           00000000025AD7C9  Unknown               Unknown  Unknown<br>pwcond.x           00000000025AC140  Unknown               Unknown  Unknown<br>pwcond.x           000000000255DBC2  Unknown               Unknown  Unknown<br>pwcond.x           00000000024F15F3  Unknown               Unknown  Unknown<br>pwcond.x           00000000024F753B  Unknown               Unknown  Unknown<br>libpthread.so.0    0000003F2280F710  Unknown               Unknown  Unknown<br>pwcond.x           00000000004F9B35  scatter_forw_             444<br>scatter_forw.<br>f90<br>pwcond.x           00000000004ADD66  do_cond_                  518  do_cond.f90<br>pwcond.x           00000000004A8B42  MAIN__                     22  co<br><br>So could you tell me how can I  fix this error so that I can using<br>more cores to excute pwcond.x? I met this problem in both 6.2.1 and<br>6.3.<br><br>The input for PWSCF:<br>&control<br>    calculation='scf'<br>    restart_mode='from_scratch',<br>    pseudo_dir = '/homes/hp0330/pseudo',<br>    outdir='./TMP'<br>    prefix='center'<br>    tprnfor = .true.<br>    verbosity='high'<br>/<br>&system<br>  ibrav = 8, celldm(1) =10.425257341,celldm(2)= 5.4437266180503983, celldm(3)=6.927332448884853, nat=144, ntyp= 3,<br>    ecutwfc = 50, ecutrho = 400.0<br>    occupations='smearing',   smearing='methfessel-paxton', degauss=0.005<br>    vdw_corr= 'Grimme-D2'<br>noncolin= .true.<br>       lspinorb=.true.<br><br><br>/<br>&electrons<br>    diagonalization='david'<br>    mixing_beta = 0.2<br>   electron_maxstep =1000<br>/<br>&ions<br>/<br>ATOMIC_SPECIES<br>W  183.84       W.rel-pbe-spn-rrkjus_psl.0.2.<wbr>3.UPF<br>S  32.064      S.rel-pbe-n-rrkjus_psl.0.1.UPF<br>Zr  91.224      Zr.rel-pbe-spn-rrkjus_psl.0.2.<wbr>3.UPF<br>ATOMIC_POSITIONS {crystal}<br>W        0.973739000   0.500000000   0.000174000    0   0   0<br>W        0.973739000   0.500000000   0.083508000    0   0   0<br>W        0.973739000   0.500000000   0.166841000    0   0   0<br>W        0.973739000   0.500000000   0.250174000    0   0   0<br>W        0.973739000   0.500000000   0.333508000    0   0   0<br>W        0.973739000   0.500000000   0.416841000    0   0   0<br>W        0.973739000   0.500000000   0.500174000    0   0   0<br>W        0.973739000   0.500000000   0.583507000    0   0   0<br>W        0.973739000   0.500000000   0.666841000    0   0   0<br>W        0.973739000   0.500000000   0.750174000    0   0   0<br>W        0.973739000   0.500000000   0.833507000    0   0   0<br>W        0.973739000   0.500000000   0.916841000    0   0   0<br>S        0.141490000   0.447273000   0.041475000    0   0   0<br>S        0.141490000   0.447273000   0.124808000    0   0   0<br>S        0.141490000   0.447273000   0.208141000    0   0   0<br>S        0.141490000   0.447273000   0.291475000    0   0   0<br>S        0.141490000   0.447273000   0.374808000    0   0   0<br>S        0.141490000   0.447273000   0.458141000    0   0   0<br>S        0.141490000   0.447273000   0.541475000    0   0   0<br>S        0.141490000   0.447273000   0.624808000    0   0   0<br>S        0.141490000   0.447273000   0.708141000    0   0   0<br>S        0.141490000   0.447273000   0.791475000    0   0   0<br>S        0.141490000   0.447273000   0.874808000    0   0   0<br>S        0.141490000   0.447273000   0.958141000    0   0   0<br>S        0.141662000   0.552021000   0.042016000    0   0   0<br>S        0.141662000   0.552021000   0.125349000    0   0   0<br>S        0.141662000   0.552021000   0.208683000    0   0   0<br>S        0.141662000   0.552021000   0.292016000    0   0   0<br>S        0.141662000   0.552021000   0.375349000    0   0   0<br>S        0.141662000   0.552021000   0.458683000    0   0   0<br>S        0.141662000   0.552021000   0.542016000    0   0   0<br>S        0.141662000   0.552021000   0.625349000    0   0   0<br>S        0.141662000   0.552021000   0.708683000    0   0   0<br>S        0.141662000   0.552021000   0.792016000    0   0   0<br>S        0.141662000   0.552021000   0.875349000    0   0   0<br>S        0.141662000   0.552021000   0.958683000    0   0   0<br>W        0.474891000   0.499624000   0.041559000    0   0   0<br>W        0.474891000   0.499624000   0.124892000    0   0   0<br>W        0.474891000   0.499624000   0.208226000    0   0   0<br>W        0.474891000   0.499624000   0.291559000    0   0   0<br>W        0.474891000   0.499624000   0.374892000    0   0   0<br>W        0.474891000   0.499624000   0.458226000    0   0   0<br>W        0.474891000   0.499624000   0.541559000    0   0   0<br>W        0.474891000   0.499624000   0.624892000    0   0   0<br>W        0.474891000   0.499624000   0.708226000    0   0   0<br>W        0.474891000   0.499624000   0.791559000    0   0   0<br>W        0.474891000   0.499624000   0.874892000    0   0   0<br>W        0.474891000   0.499624000   0.958226000    0   0   0<br>S        0.640323000   0.447589000   0.999527000    0   0   0<br>S        0.640323000   0.447589000   0.082860000    0   0   0<br>S        0.640323000   0.447589000   0.166193000    0   0   0<br>S        0.640323000   0.447589000   0.249527000    0   0   0<br>S        0.640323000   0.447589000   0.332860000    0   0   0<br>S        0.640323000   0.447589000   0.416193000    0   0   0<br>S        0.640323000   0.447589000   0.499527000    0   0   0<br>S        0.640323000   0.447589000   0.582860000    0   0   0<br>S        0.640323000   0.447589000   0.666193000    0   0   0<br>S        0.640323000   0.447589000   0.749527000    0   0   0<br>S        0.640323000   0.447589000   0.832860000    0   0   0<br>S        0.640323000   0.447589000   0.916193000    0   0   0<br>S        0.640490000   0.552338000   0.000066000    0   0   0<br>S        0.640490000   0.552338000   0.083399000    0   0   0<br>S        0.640490000   0.552338000   0.166732000    0   0   0<br>S        0.640490000   0.552338000   0.250066000    0   0   0<br>S        0.640490000   0.552338000   0.333399000    0   0   0<br>S        0.640490000   0.552338000   0.416732000    0   0   0<br>S        0.640490000   0.552338000   0.500066000    0   0   0<br>S        0.640490000   0.552338000   0.583399000    0   0   0<br>S        0.640490000   0.552338000   0.666732000    0   0   0<br>S        0.640490000   0.552338000   0.750066000    0   0   0<br>S        0.640490000   0.552338000   0.833399000    0   0   0<br>S        0.640490000   0.552338000   0.916732000    0   0   0<br>Zr       0.976583842   0.383451946  -0.000139099<br>Zr       0.975803513   0.381937807   0.085358380<br>Zr       0.977599473   0.382669872   0.833099615<br>Zr       0.976179426   0.384068265   0.915425940<br>Zr       0.476889634   0.383859266   0.042249407<br>Zr       0.477454667   0.382623913   0.124558339<br>Zr       0.475361081   0.381679089   0.872318601<br>Zr       0.476413753   0.383206321   0.957769099<br>Zr       0.137965673   0.290386107   0.042130140<br>Zr       0.113997026   0.288903967   0.121397433<br>Zr       0.138587268   0.289045738   0.875226075<br>Zr       0.136175321   0.290282305   0.957411535<br>Zr       0.636379915   0.290340140  -0.000129138<br>Zr       0.639622703   0.289077169   0.082190312<br>Zr       0.612659921   0.289190546   0.835804594<br>Zr       0.638015544   0.290182605   0.915146127<br>Zr       0.974228332   0.195235042   0.000004842<br>Zr       0.971647412   0.194621115   0.082208986<br>Zr       0.992300449   0.193541210   0.837245402<br>Zr       0.975111219   0.194487577   0.916339004<br>Zr       0.474766734   0.194870473   0.040981731<br>Zr       0.492765976   0.193835267   0.120076276<br>Zr       0.471693925   0.194727769   0.874900365<br>Zr       0.474383398   0.195184405   0.957254059<br>Zr       0.141149000   0.100176000   0.041293000    0   0   0<br>Zr       0.141149000   0.100176000   0.124626000    0   0   0<br>Zr       0.141149000   0.100176000   0.874626000    0   0   0<br>Zr       0.141149000   0.100176000   0.957960000    0   0   0<br>Zr       0.639984000   0.100494000   0.000004000    0   0   0<br>Zr       0.639984000   0.100494000   0.082680000    0   0   0<br>Zr       0.639984000   0.100494000   0.832680000    0   0   0<br>Zr       0.639984000   0.100494000   0.916013000    0   0   0<br>Zr       0.973195000   0.000004000   0.000032000    0   0   0<br>Zr       0.973195000   0.000004000   0.083365000    0   0   0<br>Zr       0.973195000   0.000004000   0.833365000    0   0   0<br>Zr       0.973195000   0.000004000   0.916698000    0   0   0<br>Zr       0.474357000   0.000004000   0.041417000    0   0   0<br>Zr       0.474357000   0.000004000   0.124750000    0   0   0<br>Zr       0.474357000   0.000004000   0.874750000    0   0   0<br>Zr       0.474357000   0.000004000   0.958083000    0   0   0<br>Zr       0.976698747   0.616245024   0.000427126<br>Zr       0.975329598   0.617801009   0.085879129<br>Zr       0.978075161   0.616795523   0.833696098<br>Zr       0.976979897   0.615634538   0.915956067<br>Zr       0.476559852   0.615680061   0.042791694<br>Zr       0.477306891   0.617160283   0.125144243<br>Zr       0.476032870   0.617872170   0.872846567<br>Zr       0.476760579   0.616347188   0.958313894<br>Zr       0.138337290   0.709258919   0.043100673<br>Zr       0.112921144   0.710334699   0.122427706<br>Zr       0.139748809   0.710585605   0.876102830<br>Zr       0.136553988   0.709234667   0.958357525<br>Zr       0.636349295   0.709361825   0.000852777<br>Zr       0.638912343   0.710638504   0.083064283<br>Zr       0.614163611   0.710787321   0.836803514<br>Zr       0.638288749   0.709390726   0.916107242<br>Zr       0.974387940   0.804232873   0.000966231<br>Zr       0.972039767   0.804853879   0.083237196<br>Zr       0.992711700   0.805770612   0.838134360<br>Zr       0.975065475   0.804961796   0.917273999<br>Zr       0.475637076   0.805054280   0.041837109<br>Zr       0.492929208   0.806262827   0.120973619<br>Zr       0.471930964   0.804975625   0.875907913<br>Zr       0.474678996   0.804401347   0.958159328<br>Zr       0.141439000   0.899128000   0.041934000    0   0   0<br>Zr       0.141439000   0.899128000   0.125267000    0   0   0<br>Zr       0.141439000   0.899128000   0.875267000    0   0   0<br>Zr       0.141439000   0.899128000   0.958600000    0   0   0<br>Zr       0.640281000   0.899446000   0.000004000    0   0   0<br>Zr       0.640281000   0.899446000   0.083320000    0   0   0<br>Zr       0.640281000   0.899446000   0.833320000    0   0   0<br>Zr       0.640281000   0.899446000   0.916654000    0   0   0<br><br><br><br><br>K_POINTS (automatic)<br>10 1 1 0 0 0<br><br>The input for PWCOND:<br>   &inputcond<br>    outdir='./TMP/',<br>    prefixl='lead',<br>    prefixs='center',<br>    tran_file='trans.dat',<br>    ikind=1,<br>    energy0=0,<br>    denergy=0.0,<br>    nz1 = 15<br>   delgep=1.d-7,<br>&<br>  6<br>  0 0 0.1<br>  0.1 0 0.2<br>  0.2 0 0.2<br>  0.3 0 0.2<br>  0.4 0 0.2<br>  0.5 0  0.1<br>5<br>-0.2<br>  -0.1<br>0.0<br>0.1<br>0.2<br><br><br></div>
</div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
developers mailing list<br>
<a href="mailto:developers@lists.quantum-espresso.org">developers@lists.quantum-<wbr>espresso.org</a><br>
<a href="https://lists.quantum-espresso.org/mailman/listinfo/developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.quantum-<wbr>espresso.org/mailman/listinfo/<wbr>developers</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br>Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br>Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br><br></div></div></div></div></div>
</div>