
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">

<head>

<title></title>

</head>

<body>

<div name="messageBodySection" style="font-size: 14px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, sans-serif;">Hello Paolo,

<div><br /></div>

<div>thanks, that might be helpful. Thanks. Can we create a post-commit hook to the SVN which does a push to github as well? That would be extremely helpful and would encourage users to fork the github and work from there and not touching the SVN at all.</div>

<div><br /></div>

<div>Best Regards</div>

<div>Thorsten Kurth</div>

<div>NERSC User Services</div>

<div><br /></div>

</div>

<div name="messageReplySection" style="font-size: 14px; font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, sans-serif;"><br />

On 17. Mai 2017, 08:59 -0700, Paolo Giannozzi <p.giannozzi@gmail.com>, wrote:<br />

<blockquote type="cite" style="margin: 5px 5px; padding-left: 10px; border-left: thin solid #1abc9c;">I think I know why: I recently moved around some variables, notably a<br />

few out of "pwcom". If you cannot access the latest svn version of<br />

GIPAW (that compiles), please apply these patches<br />

<br />

Paolo<br />

<br />

On Wed, May 17, 2017 at 5:20 PM, Thorsten Kurth <tkurth@lbl.gov> wrote:<br />

<blockquote type="cite" style="margin: 5px 5px; padding-left: 10px; border-left: thin solid #e67e22;">Hello developers,<br />

<br />

I think I know what the issue is: in my automated build script, gipaw does<br />

not build and the user who complained used an incompatible version. So what<br />

happens is, that the compiler complains about:<br />

<br />

ifort: remark #10397: optimization reports are generated in *.optrpt files<br />

in the output location<br />

<br />

write_tensor_field.f90(180): error #6404: This name does not have a type,<br />

and must have an explicit type. [DUAL]<br />

<br />

celldm, at, gcutm, dual, ecutwfc, 100, atm, ityp, zv, &<br />

<br />

<br />

<br />

Apparently, dual is not declared anywhere:<br />

<br />

<br />

SUBROUTINE write_nics(filename, field)<br />

<br />

!-----------------------------------------------------------------------<br />

<br />

!<br />

<br />

! ... write the NICS in PP postproc format<br />

<br />

!<br />

<br />

USE kinds, ONLY : dp<br />

<br />

USE io_global, ONLY : stdout, ionode<br />

<br />

USE fft_base, ONLY : dfftp<br />

<br />

USE scatter_mod, ONLY : gather_grid<br />

<br />

USE gvect, ONLY : gcutm<br />

<br />

USE cell_base, ONLY : at, ibrav, celldm<br />

<br />

USE ions_base, ONLY : zv, ntyp => nsp, nat, ityp, atm, tau<br />

<br />

USE gvecw, ONLY : ecutwfc<br />

<br />

USE pwcom<br />

<br />

USE gipaw_module<br />

<br />

!--------------------------------------------------------------------<br />

<br />

implicit none<br />

<br />

character*(*) filename<br />

<br />

real(dp) :: field(dfftp%nnr,3,3,nspin)<br />

<br />

!-- local variables ----------------------------------------------------<br />

<br />

character(75), parameter :: title = 'NICS'<br />

<br />

real(dp), allocatable :: nics(:), aux(:)<br />

<br />

integer :: ispin<br />

<br />

<br />

allocate(nics(dfftp%nnr))<br />

<br />

nics = 0.d0<br />

<br />

do ispin = 1,nspin<br />

<br />

nics(:) = nics(:) + (field(:,1,1,ispin) + field(:,2,2,ispin) + &<br />

<br />

field(:,3,3,ispin))/3.d0<br />

<br />

enddo<br />

<br />

nics = nics * 1d6<br />

<br />

<br />

! gather the data<br />

<br />

allocate(aux(dfftp%nr1x*dfftp%nr2x*dfftp%nr3x))<br />

<br />

#ifdef __MPI<br />

<br />

call gather_grid (dfftp, nics, aux)<br />

<br />

#else<br />

<br />

aux = nics<br />

<br />

#endif<br />

<br />

<br />

if (ionode) then<br />

<br />

write(stdout, '(5X,''writings NICS to: '',A40)') trim(filename)<br />

<br />

call plot_io(filename, title, dfftp%nr1x, dfftp%nr2x, dfftp%nr3x, &<br />

<br />

dfftp%nr1, dfftp%nr2, dfftp%nr3, nat, ntyp, ibrav, &<br />

<br />

celldm, at, gcutm, dual, ecutwfc, 100, atm, ityp, zv, &<br />

<br />

tau, aux, 1)<br />

<br />

endif<br />

<br />

<br />

deallocate(aux, nics)<br />

<br />

<br />

end subroutine write_nics<br />

<br />

<br />

<br />

Best Regards<br />

<br />

Thorsten<br />

<br />

<br />

<br />

On 16. Mai 2017, 08:37 -0700, Thorsten Kurth <tkurth@lbl.gov>, wrote:<br />

<br />

Thanks for all the feedback.<br />

<br />

I will have a closer look at what is going wrong with gipaw, maybe I did not<br />

pull the latest updates to master from the source. I am using the official<br />

github mirror but I am not sure if it is 100% in sync with the svn or if it<br />

lags behind. In any case, I will have a look tomorrow as today our machine<br />

is in maintenance. So please stay tuned till I can give you updates.<br />

<br />

Best Regards<br />

Thorsten<br />

<br />

On 16. Mai 2017, 08:24 -0700, Paolo Giannozzi <p.giannozzi@gmail.com>,<br />

wrote:<br />

<br />

Hi Thorsten<br />

<br />

thank you for the info. Please report specific cases of failure with<br />

details. We are in the middle of some extensive changes to I/O and<br />

there might be corner (or not-so-corner) cases that don't work as<br />

hoped.<br />

<br />

Paolo<br />

<br />

On Mon, May 15, 2017 at 7:27 PM, Pietro Delugas <pdelugas@sissa.it> wrote:<br />

<br />

Hello Thorsten<br />

<br />

Thanks for signaling us these issues. We will try to fix them soon.<br />

<br />

If the version you have deployed is the tagged 6.1 version the new format<br />

is activated only if you set the "--enable-xml=yes" option while running<br />

the configure script (the default value for this option in 6.1 is no).<br />

This option in 6.1 version defines the preprocessor flag -D__XSD inside<br />

the make.inc file. When this flag is not defined the program is compiled<br />

using the old XML format and discards all code related to new XML output. If<br />

you are using 6.1 check that the -D__XSD option is not there, and you<br />

will be using the old xml format.<br />

<br />

The situation has been reversed in SVN revisions following the 6.1 release;<br />

the default value for the --enable-xml option has been set to "yes" and<br />

you must specify it as "no" for reverting to the old XML format.<br />

<br />

In the development version you can check inside the make.inc file that the<br />

-D__OLDXML preprocessor flag is appended to the DFLAGS. If it is, you are<br />

using old xml format. In case it is not it is sufficient to append it and<br />

recompile from scratch.<br />

<br />

thanks again, greetings Pietro<br />

<br />

<br />

On 15/05/2017 18:01, Stefano Baroni wrote:<br />

<br />

Thank you for your note, Kurth. Please, note that the appropriate address to<br />

report this kind of problems is q-e-developers@qe-forge.org, to I which I am<br />

forwarding this email. I am forwarding to Pietro Delugas as well, who may<br />

give you direct advice on the reported issue. best regards - Stefano B<br />

<br />

On 15 May 2017, at 17:42, Thorsten Kurth <tkurth@lbl.gov> wrote:<br />

<br />

Dear developers, QE maintainers,<br />

<br />

we deployed QE 6.1 on Cori at NERSC and get a lot of error reports which are<br />

IO related. Most of them might be attributed to migrating to a new file<br />

form. The main errors include:<br />

<br />

1) files written by pw.x cannot be read by pw2bgw.x, it complains about a<br />

missing XML.<br />

<br />

2) files written by pw.x cannot be processed by gipaw either.<br />

<br />

Do I need to specify a certain flag to switch to the old formats as long as<br />

the new one is not fully implemented? Or are these two cases supposed to<br />

work?<br />

<br />

Best Regards<br />

Thorsten Kurth<br />

<br />

<br />

<br />

<br />

—<br />

Stefano Baroni - SISSA, Trieste - http://stefano.baroni.me, stefanobaroni<br />

(skype)<br />

<br />

There are two ways of doing a theoretical calculation: you should have<br />

either a clear physical model in mind, or a rigorous mathematical basis. You<br />

have neither. [E. Fermi to F.J. Dyson, as humbly reported by the latter]<br />

<br />

<br />

<br />

<br />

<br />

--<br />

Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br />

Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br />

Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br /></blockquote>

<br />

<br />

<br />

--<br />

Paolo Giannozzi, Dip. Scienze Matematiche Informatiche e Fisiche,<br />

Univ. Udine, via delle Scienze 208, 33100 Udine, Italy<br />

Phone +39-0432-558216, fax +39-0432-558222<br /></blockquote>

</div>

</body>

</html>