Dear Miller, it doest not look like an espresso-Makefile (make.sys) related problem but more like an environment problem. Is in the lib /opt/intel/Compiler/11.1/056/mkl/lib/em64/libmkl_blacs_openmpi_lp64.a<br>that the compiler does not manage to link some mpi basic definitions. It really looks like something in your Cray environment has not been loaded correctly, or is not compatible. <br>
<br>hope it helps<br><br>Layla<br><br><br><div class="gmail_quote">2012/8/15 Miller, MJ ERDC-RDE-ITL-MS Contractor <span dir="ltr"><<a href="mailto:MJ.Miller@erdc.dren.mil" target="_blank">MJ.Miller@erdc.dren.mil</a>></span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US">
Classification: UNCLASSIFIED<br>
Caveats: FOUO<br>
<br>
<div>
<p class="MsoNormal">QE:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I’m trying to troubleshoot a compilation problem on our Cray XE6. The code seems to compile following the instructions given in the README, but fails to link with the MPI libraries as far as I can see. We are getting undefined reference
 errors that seem to indicate at least a library path problem, but may be more involved. Our efforts thus far have included setting environment variables as described in the README file, and swapping compiler and open_mpi versions. Here is a excerpt from the
 compile log where things start to go wrong. Please take a look and reply if you can help us.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">make[2]: Entering directory `/work/mjmiller/espresso-5.0--htakephi/PW/src'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">test -n "" && ( cd ../.. ; make -w  || exit 1) || :<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">mpif90 -static-intel  -openmp -o pw.x \<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">           pwscf.o  libpw.a ../../Modules/libqemod.a ../../flib/ptools.a ../../flib/flib.a ../../clib/clib.a ../../iotk/src/libiotk.a -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64   -lmkl_intel_lp64  -lmkl_intel_thread -lmkl_core<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal">/opt/intel/Compiler/11.1/056/mkl/lib/em64t/libmkl_blacs_openmpi_lp64.a(igesd2d_.o): In function `igesd2d_':<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_igesd2d_.c:(.text+0x40): undefined reference to `ompi_mpi_int'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_igesd2d_.c:(.text+0x99): undefined reference to `ompi_mpi_byte'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">/opt/intel/Compiler/11.1/056/mkl/lib/em64t/libmkl_blacs_openmpi_lp64.a(sgesd2d_.o): In function `sgesd2d_':<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_sgesd2d_.c:(.text+0x40): undefined reference to `ompi_mpi_float'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_sgesd2d_.c:(.text+0x99): undefined reference to `ompi_mpi_byte'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">/opt/intel/Compiler/11.1/056/mkl/lib/em64t/libmkl_blacs_openmpi_lp64.a(dgesd2d_.o): In function `dsendrecv_':<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_dgesd2d_.c:(.text+0x8e): undefined reference to `ompi_mpi_double'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_dgesd2d_.c:(.text+0xab): undefined reference to `ompi_mpi_double'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_dgesd2d_.c:(.text+0x101): undefined reference to `ompi_mpi_double'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_dgesd2d_.c:(.text+0x125): undefined reference to `ompi_mpi_double'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">/opt/intel/Compiler/11.1/056/mkl/lib/em64t/libmkl_blacs_openmpi_lp64.a(dgesd2d_.o): In function `dgesd2d_':<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_dgesd2d_.c:(.text+0x21a): undefined reference to `ompi_mpi_double'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_dgesd2d_.c:(.text+0x273): undefined reference to `ompi_mpi_byte'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">/opt/intel/Compiler/11.1/056/mkl/lib/em64t/libmkl_blacs_openmpi_lp64.a(cgesd2d_.o): In function `cgesd2d_':<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_cgesd2d_.c:(.text+0x99): undefined reference to `ompi_mpi_byte'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">/opt/intel/Compiler/11.1/056/mkl/lib/em64t/libmkl_blacs_openmpi_lp64.a(zgesd2d_.o): In function `zgesd2d_':<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">_zgesd2d_.c:(.text+0x99): undefined reference to `ompi_mpi_byte'<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">/opt/intel/Compiler/11.1/056/mkl/lib/em64t/libmkl_blacs_openmpi_lp64.a(strsd2d_.o):<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thanks,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">MJ Miller, Ph.D.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">ERDC-DSRC<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Vicksburg, MS<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><a href="tel:601-634-7465" value="+16016347465" target="_blank">601-634-7465</a><u></u><u></u></p>
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Classification: UNCLASSIFIED<br>
Caveats: FOUO<br>
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Q-e-developers mailing list<br>
<a href="mailto:Q-e-developers@qe-forge.org">Q-e-developers@qe-forge.org</a><br>
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